GB/T 38551-2020
基本信息
标准号： GB/T 38551-2020
中文名称：植物品种鉴定 MNP标记法
标准类别：国家标准(GB)
标准状态：现行
出版语种：简体中文
下载格式：.zip .pdf
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标准分类号
关联标准
出版信息
相关单位信息
标准简介
标准号：GB/T 38551-2020
标准名称：植物品种鉴定 MNP标记法
英文名称：Identification of plant varieties - MNP marker method
标准格式：PDF
发布时间：2020-03-06
实施时间：2020-10-01
标准大小：130M【站长提醒：下载文件较大，所以建议用迅雷等下载工具下载】
标准介绍：本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
本标准适用于水稻( Oryza sativa L.)、玉米( Zea mays L.)、大豆 Glycine maxlinn.merr、棉花( Gossypium spp.)、花生( Arachis hypogaea L.)、谷子( Setaria italica)、西瓜( Citrullus lanatus)、甜瓜( Cucumis melo L.)、黄瓜( Cucumis sativus)、艾草( Artemisia argyi)、番茄( Lycopersicon esculer tum Mill.)辣椒( Capsicum annuum L)、白菜 Brassica pekinensis(lour.)rupr.]龙眼( Dimocar bus longan Lour.)荔枝( Litchi chinensis Sonn.)、猕猴桃( Actinidia Chinensis)的原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定。其他植物品种鉴定可参考本标准。
本标准由中国标准化研究院提出并归口。
下列术语和定义适用于本文件。
多核苷酸多态性 multiple nucleotide polymorphismnp
在基因组水平上由多个核苷酸引起的序列多态性。
3.2
实质性派生品种 essential derived variety;edv
由原始品种派生或者由原始品种的实质性派生品种再次派生，且保留了原始品种的基因型或基因型组合产生的基本特性，但与原始品种存在明显差别的品种。
3.3
变异度 degree of variance
异型株(非典型植物)占总观测植株的百分率。
平均覆盖倍数 average coverage
比对到标记位点上的测序片段数目与标记位点数目的比值。
3.5
检出的标记位点 detected markers
至少有一个等位基因型有20条及以上测序片段支持的标记位点。
本标准起草单位：江汉大学、武汉明了生物科技有限公司、中国标准化研究院、农业农村部科技发展
中心、北京工商大学、北京市农林科学院蔬菜研究中心、湖南杂交水稻研究中心、华南农业大学、张家口
市农业科学院、深圳华大智造科技有限公司。
本标准主要起草人：彭海、方治伟、李论、马爱进、周俊飞、温常龙、李甜甜、唐浩、陈红、崔野韩、张嘉楠、贾英民、许娜、宋书锋、胡美霞、符习勤、赵治海、梁勇、徐振江、高利芬、陈利红、韩瑞玺、张蝶、张静、余进文。
标准名称：植物品种鉴定 MNP标记法
英文名称：Identification of plant varieties - MNP marker method
标准格式：PDF
发布时间：2020-03-06
实施时间：2020-10-01
标准大小：130M【站长提醒：下载文件较大，所以建议用迅雷等下载工具下载】
标准介绍：本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
本标准适用于水稻( Oryza sativa L.)、玉米( Zea mays L.)、大豆 Glycine maxlinn.merr、棉花( Gossypium spp.)、花生( Arachis hypogaea L.)、谷子( Setaria italica)、西瓜( Citrullus lanatus)、甜瓜( Cucumis melo L.)、黄瓜( Cucumis sativus)、艾草( Artemisia argyi)、番茄( Lycopersicon esculer tum Mill.)辣椒( Capsicum annuum L)、白菜 Brassica pekinensis(lour.)rupr.]龙眼( Dimocar bus longan Lour.)荔枝( Litchi chinensis Sonn.)、猕猴桃( Actinidia Chinensis)的原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定。其他植物品种鉴定可参考本标准。
本标准由中国标准化研究院提出并归口。
下列术语和定义适用于本文件。
多核苷酸多态性 multiple nucleotide polymorphismnp
在基因组水平上由多个核苷酸引起的序列多态性。
3.2
实质性派生品种 essential derived variety;edv
由原始品种派生或者由原始品种的实质性派生品种再次派生，且保留了原始品种的基因型或基因型组合产生的基本特性，但与原始品种存在明显差别的品种。
3.3
变异度 degree of variance
异型株(非典型植物)占总观测植株的百分率。
平均覆盖倍数 average coverage
比对到标记位点上的测序片段数目与标记位点数目的比值。
3.5
检出的标记位点 detected markers
至少有一个等位基因型有20条及以上测序片段支持的标记位点。
本标准起草单位：江汉大学、武汉明了生物科技有限公司、中国标准化研究院、农业农村部科技发展
中心、北京工商大学、北京市农林科学院蔬菜研究中心、湖南杂交水稻研究中心、华南农业大学、张家口
市农业科学院、深圳华大智造科技有限公司。
本标准主要起草人：彭海、方治伟、李论、马爱进、周俊飞、温常龙、李甜甜、唐浩、陈红、崔野韩、张嘉楠、贾英民、许娜、宋书锋、胡美霞、符习勤、赵治海、梁勇、徐振江、高利芬、陈利红、韩瑞玺、张蝶、张静、余进文。
标准图片预览
标准内容
ICS65.020.01
中华人民共和国国家标准
GB/T38551-2020
植物品种鉴定
MNP 标记法
Identification of plant varieties--MNPmarkermethod2020-03-06发布
国家市场监督管理总局
国家标准化管理委员会
2020-10-01实施
规范性引用文件
术语和定义
试剂或材料
仪器设备
测定步骤
操作要求
DNA提取
多重PCR扩增与文库构建
高通量测序
测序数据质量控制
8结果分析
结果计算
结果判定
附录A（规范性附录）
MNP标记引物
水稻MNP标记引物
玉米MNP标记引物·
大豆MNP标记引物
棉花MNP标记引物·
花生MNP标记引物
谷子MNP标记引物
西瓜MNP标记引物
甜瓜MNP标记引物
黄瓜MNP标记引物
艾草MNP标记引物·
番茄MNP标记引物
辣椒MNP标记引物·
白菜MNP标记引物
龙眼MNP标记引物·
荔枝MNP标记引物·
猕猴桃MNP标记引物
GB/T38551—2020
本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。本标准由中国标准化研究院提出并归口。GB/T38551—2020
本标准起草单位：江汉大学、武汉明了生物科技有限公司、中国标准化研究院、农业农村部科技发展中心、北京工商大学、北京市农林科学院蔬菜研究中心、湖南杂交水稻研究中心、华南农业大学、张家口市农业科学院、深圳华大智造科技有限公司。本标准主要起草人：彭海、方治伟、李论、马爱进、周俊飞、温常龙、李甜甜、唐浩、陈红、崔野韩、张嘉楠、贾英民、许娜、宋书锋、胡美霞、符习勤、赵治海、梁勇、徐振江、高利芬、陈利红、韩瑞玺、张蝶、张静、余进文。
1范围
植物品种鉴定MNP标记法
GB/T38551—2020
本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
本标准适用于水稻（OryzasativaL.）、玉米（ZeamaysL.）、大豆[Glycinemar（Linn.）Merr.」、棉花(Gossypium spp.）、花生（Arachis hypogaea L.)、谷子(Setaria italica）、西瓜（Citrullus lanatus）、甜瓜（CucumismeloL.）、黄瓜（CucumissativusL.）、艾草（Artemisiaargyi）、番茄（Lycopersiconesculen-tumMill.）、辣椒（CapsicumannuumL.）、白菜[Brassicapekinensis（Lour.）Rupr.J、龙眼（DimocarpuslonganLour.）、荔枝（LitchichinensisSonn.）、猕猴桃（ActinidiaChinensis）的原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定。其他植物品种鉴定可参考本标准。2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T3543.2农作物种子检验规程扦样GB/T6882声学声压法测定噪声源声功率级和声能量级消声室和半消声室精密法GB/T19557.1植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南总则NY/T2594植物品种鉴定DNA分子标记法总则3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。3.1
多核苷酸多态性multiplenucleotidepolymorphism；MNP在基因组水平上由多个核苷酸引起的序列多态性。3.2
essentialderivedvariety;EDV
实质性派生品种
由原始品种派生或者由原始品种的实质性派生品种再次派生，且保留了原始品种的基因型或基因型组合产生的基本特性，但与原始品种存在明显差别的品种。3.3
变异度degreeofvariance
异型株(非典型植物)占总观测植株的百分率。3.4
平均覆盖倍数averagecoverage
比对到标记位点上的测序片段数目与标记位点数目的比值。3.5
检出的标记位点detectedmarkers至少有一个等位基因型有20条及以上测序片段支持的标记位点。1
GB/T38551—2020
4原理
利用多重聚合酶链式反应(PCR)和二代高通量测序扩增并检测样品基因组上的MNP标记位点，分析测序数据，获得标记位点的分型结果和鉴定结论。5试剂或材料
除非另有规定，仅使用分析纯试剂。5.1水:GB/T6882一级。
5.2多重PCR扩增与文库构建试剂盒。5.3
高通量测序试剂盒。
5.4MNP标记引物：见附录A。
仪器设备
高通量测序仪。
7测定步骤
7.1操作要求
样品准备、DNA提取、多重PCR扩增与文库构建、高通量测序在规定的区域按单一方向进行操作且保持实验室通风良好。不同区域的仪器设备应专用。7.2取样
7.2.1样品应为从变异度不高于5%的植物品种群体中抽取的个体样本混合物。7.2.2从植物品种群体中抽取的个体的数量宜满足NY/T2594要求。7.2.3样品中个体的类型宜为幼嫩且新鲜的叶、根、茎、胚等器官或组织，也可为种子。7.2.4从植物品种群体中的抽样应具有代表性。农作物种子扦样应符合GB/T3543.2要求。7.3DNA提取
提取与纯化的DNA溶液应在260nm与230nm处的吸光度比值大于2.0；在260nm与280nm处的吸光度比值介于1.7与1.9之间；DNA电泳主带明显，无明显降解和RNA残留。7.4多重PCR扩增与文库构建
按多重PCR扩增与文库构建试剂盒的说明书进行DNA质控、多重PCR扩增、文库构建与纯化。其中，多重PCR的扩增循环数不高于20个。7.5高通量测序
按高通量测序试剂盒和高通量测序仪的操作说明进行高通量测序。高通量测序的平均覆盖倍数设置为700倍以上，测序长度大于标记引物在参考基因组上的扩增长度。
7.6测序数据质量控制
数据质量控制如下：
GB/T38551—2020
利用MLMNP品种鉴定软件将样品的测序数据比对到参考基因组的标记位点上，统计第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数C1；当C1小于500时，判定样品的测序数据量不足，从7.5或之前的步骤开始重新实验至第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数C1大于或等于500；当C,大于或等于500时，进一步计算检出的标记位点的比例R，样品的检出的标记位点的数目和检测的标记位点的数目；当R，大于或等于95%时，判定测序数据合格；T
,其中,T和T分别为
一当R，小于95%时，判定文库构建可能失败，从7.3或之前的步骤开始重新实验至第二次检测的标记位点的平均覆盖倍数C2大于或等于500；当C2大于或等于500时，进一步计算第一次和第二次共同的检出的标记位点的比例R2二2T12
，其中，T12为第一次和第二次共同检出的标记位点的数目，T，和T2为第一次和第二T,+T2
次分别检出的标记位点的数目：当R2大于或等于95%时，判定测序数据合格。8结果分析
结果计算
遗传相似度按式(1)计算：
n×100%
式中：
-待测品种与对照品种的遗传相似度；nj
待测品种与对照品种中均检出的但基因型无差异的标记位点的数目；一待测品种与对照品种中均检出的标记位点的数目。8.2结果判定
8.2.1原始品种的鉴定
（1）
当对照品种为在待测品种植物新品种权申请日前的所有已知品种时，判定待测品种是否为原始品种。
当待测品种与所有对照品种间的遗传相似度GS均小于a时，判定待测品种为原始品种。其中，α为按有关法规确定的待测品种所在植物的实质性派生品种的判定阈值。8.2.2实质性派生品种的鉴定
当对照品种为原始品种时，判定待测品种是否为对照品种的实质性派生品种。当GS小于a时，判定待测品种不是对照品种的实质性派生品种；当GS大于或等于α时，判定待测品种是对照品种的实质性派生品种。3
GB/T38551—2020
8.2.3品种真实性鉴定
8.2.3.1水稻、玉米、大豆、棉花、花生、谷子、西瓜、甜瓜、黄瓜、番茄、辣椒、白菜、猕猴桃按以下判定：-当GS小于96%时，判定待测品种与对照品种为“不同品种”；当GS大于或等于96%且小于99%时，判定待测品种与对照品种为“近似品种”；当GS大于或等于99%时，判定待测品种与对照品种为“极近似品种或相同品种”8.2.3.2艾草、龙眼、荔枝按以下判定：当GS小于91%时，判定待测品种与对照品种为“不同品种”；当GS大于或等于91%且小于99%，判定待测品种与对照品种为“近似品种”；当GS大于或等于99%时，判定待测品种与对照品种为“极近似品种或相同品种”8.2.3.3对“近似品种”或“极近似品种或相同品种”的样品，可按GB/T19557.1进一步进行田间种植鉴定。
水稻MNP标记引物
水稻MNP标记引物见表A.1。
染色体
（规范性附录）
MNP标记引物
正向引物（从5'端到3'端）
水稻MNP标记引物
AGCTGGTGGATAGAATGACATGTG
GCTAATTAACTAAGTAGAGTAAGCACCAGTCATTTTGGATGGTTTTGTTGGATTCCT
CACTAGATACACCTAGCTACATGTATGGTCAAGCCAAACATAGCAAACCGTA
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AATTTCAAGTCTTGGAATGTTTTGTGCTCATGCAAGGATAAAGTGAGGCAGTA
GCATTGCGACGAGCTCTGTA
CGGGTTAGCCATGGACAAGAAA
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GATAGGGTTCGGAAACTAATTCTCCA
AGTGTTCCAACCCTGTCTCCTTA
CCTATAGGAGGAAAGTATAGGTGCTGA
AGGAGATGTGAAAATGTGAATAGTGAACATGCTGCAAGGTTTGTTTGATTCTG
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CACAATTTTGGAACGGATGCAGT
GGCAGCTCTGATAACAACGGT
CAAAACGGTGGTGGTAAATACGG
GGTAAGATGAATCATATTAGTGATGGCCATCAACCAATTCCTCCAAGAAAGCATC
GB/T38551—2020
反向引物（从5'端到3'端）
GATAAGCCTGTTACAATTTCTCTCCATCAAAAACAAGCTGATTTCAACTCTCTGAAACAGAATTCCAATACTCACAATCACAAGCACATGGCCAGTCCATGATTTTTGG
ATGGATAACCATCTAGTGTTTGTGTACTGCTTGATTTGGCTTTTGCCTTCTCT
GGGTTAACTTCTTTTGGAGTCCCTAAG
AGATACAGTGCATGCATCAGCTT
CCTTGACATTCAGCCATGAATAGC
CCCTACTGTACACCACCAAAAGTG
CCAGTGAATGCAATTTTGGTTCAAAATTTCCGAGGAGTACACATCTTATTGGAGAAG
GCAAGTCCTATTTGGAGAATTAATTCGAGACCCATAGCTACTAGACTTAATTTCCACCCCTTAGCCTTGCTCAGCTATTTAATTG
CCATAAGTCTCGTGGTGTTTGCT
CATTGCAGTCATGCAAATTTCCCA
ATACCTATCGAAAGATTAGGACCTAACGTGTCGGTGCTGCTATCTTAGTTTCT
TCCGCTACAATTACAGGATCCAATG
CACAGACCCTTTGTTATAGAGACAACATATAAAATTTTCGGAAATTCCGAGGAAATTTCTTAACCTTGGCCGTGAACCAAA
GTGGTATTTGGATCTTCGAAACATGT
TGGCGATTACAAAACTTCAAAAGCTAACTCACCATACCTTCATTTTGGGCA
GB/T38551—2020
染色体
正向引物（从5'端到3'端）
表A.1（续）
GCAGGAGGGAAGAAGTTAGTGC
AGGGTGGGTTGTGGAGAGATAT
CCTCTGGCCTCCTACATCATACA
TGTGCATGACCTTTGCTCAGAA
TTCGGTTTATAACATACTAAGTCGTGCATGATTTGAAAATTGTCTCAATCATGTGGGTTTTTTTACATGTGGAGCTGCGGATA
TAGGTTTATGAACATGATGGCTTCAGTTTCTCCTGATTACTTTACTCACTCTGTGTTTTTCATGCTATTTGTTGATCGACTTGTTTGTTCTTTCAGAGTTTCAGAGATGTTAGCTTTTCTTAGCGTTGGTGCAAAGATAAAC
GACTTGGTGGCCACAACATCTA
TATGTGCTACCAGAGTATATCACAGCA
CCTCGCCATCTTCTTCCTTGAA
GGTGGTGTAGTGGGCTAGATCT
CAGTGGGAAGCCACATAAACCA
ATCTTAATACAATCCGATGGCCACAA
CACTCCAAACAGTAGTGAGTAGTGT
TTGCCAACACCTTCCTCACTAG
TTTCTTATTACACCAACCAGCAAACTACTCAGACATTTCTTCTCATGGTCCATTG
TGACACTGGAGTTGATTACAAAGACAA
CCATTTAGTAGCAAACTGGGAAGCAT
AGCTACAATGTCTATTTGCCCTACTATAGACGCTTAAAGGGAAATGATCAATGAGT此内容来自标准下载网
TCTATTTAGTGCCAACTTCGATACCATGCTTGTATCCCGTACGCATCGTA
TCACTGTATCGTCATACAAATCATAGTCCTGGCTTTCTCCCATGCTTATACCT
TACGTGATACGTCTATGCGTAGGA
CGATTGTTTTCGGTATGTCAGTTGTG
AGAACGGGTACCAATATTTGCTTCC
GTGCTGTGTGATTCATTATGATTCTCC
反向引物（从5'端到3'端）
AGTGATGGATTGATAGCTTTCTATATGCTGAATCATGTTAGCAAGATCAGAAGAAGCTCGGACAAATGGTGTTGTACAAATACAATTAGTAACTGGATTGATCGATGCAGATTT
CGTGTAGTCCCTCTCTGAAACG
GTCACCCTCAATTTTTACCTGTGAAAAATCATCACACCAACCTCAAGTCCT
TTGACTTGATGCGTGTAGATAATAACATGACCTATTGACCATTGAACTACCATTTCTGTTGCTAACATATTCATTCTCAGACTTCGCAAAACATGCATGCACTCTAGTACTCTAC
GACAAGAGGAGGCTAAAATGATATTGAACTGACTTCTGCTTCCTTTTGGATTCG
GAAACATGCCCAAAGAGCACATC
CTCTTTGTAGTCTTCCCAGCTCAATTT
CTTGTGTAGCTATGATTCTTCACATCACTGGGACATGTTCTACCTCATGATCATG
CCTCATTTGATGGGACATTAGTCGAC
GGGCCTGTTTATCCTAATTTTGTTTTCTTGTCTAAAAGAGGTTCAGTGCTGTCAA
GATCTCGACGACGACAGATTCTC
GTGAGTTGTGACAGGATAGTACTACTAGTATCATCATGGATTCCTTCGAAGAAAGTTATTGTGAGCTTGATAAAGCTTGTCGT
TGGTTTAAAACCAAATTTTGCTAAGCCTTTGGGTATCTAATCGCATACAAAGGAATTTCTCTACTGTTTTATCTCCTCGACATATGTATCAACGGTTCTAGAAAGCCTATGATAAAAGTGGCTTTTAGCTTTAGCATTTTAAGTACACCAGTGTGAGAGGCGAAAATACC
TCGAGGAGATCTCTCTAGTACTCCTATCTGATGCCAGTGAACATTTGGGT
ATCTGCTTGGAAAATTTAAGCTCTCAGATACTTGCGCACGTACTACTCATTAGA
染色体
正向引物（从5'端到3'端）
表A.1（续）
CCAACTGAAGGTTTGTTGTTAACTCC
ACTAACCTCACGCTGCATATGC
GTACAAGAAGGCACCATGCCAT
TTGTCACGTAACGCCAACTTTTG
ACTTCTATCATCAACCAGAGGTACATAGAAGGCCGAATGAACTATAGATGCCT
GAAATCAACCTGATTTCCAAATAGTTCAGTGGATTAAGCGCGAAGATCCGAA
CCGGGTAAAAACACCATTAGAGCA
TGTCGTCTCAAGTTCTAGCTAGGT
GACCTTCTGTTTCTACCAGAAAAACAC
TACTACTGTTGAGGCATCCTATCATTATGACAGTCAATCTAGTTAACTGAGGTTGGT
GGAACTCTAAAAGGGATGACGGG
GTGATCATGATTCATCCCGGATGTA
CAGTGTGCTATAACGTATGCACAGTA
CTGTCTTGTAGCTGGAGTGACT
GCGCTTGAGACAGTGGAGATTC
AGTTGCTTAAAAAGATAACGGTCAAAGTTCCACATCCTCCTGCAAAATGACTC
CCAACAGCAAAAGGTAAACCACATC
ACTGGGAGGGAGTATATATAAGCCAAA
TTCGTTTTCTATGCACACAACTTGTG
TTGCATGTTATATTTAAGGCATCCAGGACTTAGAAATGCTCTACACACGTGGAT
CGTTAATCAGAAGAACTAATGTGCTAGAGAGTAAGGAGAAGCTGTGTGCCTT
CCCACTTGACAAAATTGAGCGA
CCGGTGGGCCTTTTGTCTTTAT
TAACGTTGTTGCGATAACAACTATTGC
CCTTTGGGTCACTCGGTTGTAC
TCTGAAGTTTGCGACATTAATTGTTAGTGGCGACTTGACCACTCAACATCT
TGGAGCAAATAATCAATTTCAAAGTTCAGCGB/T38551—2020
反向引物（从5'端到3'端）
TGAAAAGATAGTTCATCACATTGTTCAGGTGTAGAGCAAACAATGGAAGCACATAG
GAACATACAGACGTTGATAGTGTAATGGAGCTAGGCTTGATTTCAATCCAACAAATATGCACTGCAGAGTAACAGCACACT
ACCAAGATTTATAAGACCGTGTGGTTATCCGCACGAAAATAATATAGCTCATTAACACATGCACTATCACTTTGGTAAAAAGGCA
CACATTGAACGTTTGAAACTTGCATAAAATAACAACGATATCAACGGTAGCGAT
GCTCTCTTCCTTCTGTTCAATGGATG
GCTAAGGAGTTGGAATCAATGGCT
CTCTCTCTCGATCACTTGTGGAAAAG
GGTGTGACTTCCTTGTAGGATCG
ACAGCAGAAGAGCTTGTGGATAG
GGGATAGCCTACAAGCAGTACCT
TGAGTAATTTGAGCTACTTGCAGTATCTCGTGGTTTCGTTGATCACCAAAGTG
CTGAAAAGTTGACAGGCTAAACACATG
CCATCCACTTTTGCAACCATTTCC
CAGTTCAGATTAATTATGGGTCTGGGTTTCAATAATAAGTATAGCCACTGTTGGTATTTCTGTTCTTTGGAGTGGAAACCGTTTG
GATACTGTTCCGGCTGGCA
CCACAAGCTTAAAGGCTTTGGTTTG
GGTAGCTTGCTTGTTTGCAGATAATAATTTAGCTCGTAGTCATCCAGTTCACTA
TGTTACTAGCATGTTTAGGGAAAGTGTCCATTATACTAAAACAGAGTGCCTCAACAGTCAAGAGCACACACTACAAGGAAATC
GTACGGTTTCTAGCATCATTACTGGTT
GAGTTTCAGTATCTGTGGTCTGACAA
TCAATAGAATAACAAGAACAGTGCTGAACTTGTTAGGCTGTAGTAATTCACATGATGTG7
GB/T38551—2020
染色体
正向引物（从5端到3'端）
表A.1（续）
AGGTATTCCTTTTTGCATCTGTAATTCTGTATCTGCCACATGACCATCACTT
GTAAGTGACTTATCTACACATACGTGCAGAATGGGTAAATTGGAATCATGCCA
GGCTGCACCGATTAGTCACTTT
ATGATACGAGTAAATATTATTAGGCCGTGTTTTGCATCTGCATCTGCAAATGGTG
TGCATTTCTTTTTCGTATTGCGCTT
AAAATGTAACGGAGGGAGTAATAAAGGATCACTGGACTTGTCTGGTAGTGATACA
ACAAGTATTGGTAGCAAACTAAACATTGCCACATTTAGTGCGGACGGAGA
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GGTAGCGACGGGCTTTAGATTT
CGACCGACAAATTAATCTATCCACGA
CACGTCAGATCCTCCACATGT
ACGCCAAAACTTTACACTAGGCA
TCTAGGTCACCGTCAATTGCAAG
TTCTCGTCTCAATCAATCACAACTATTCTCCTGAGGTTTGCAGAGTAGATGCT
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GGAGCGTGACTCGAGCAA
GGTGAGAGCGATCGAAATGAGG
ATGCCTGCATTAGGTGGGATAAAA
CATGAAGGAACCTGGGCATAGAT
反向引物（从5'端到3'端）
GCAAAGTGTGCAGGAGATGGTAA
TCCCTCTGTCCTAAAATATAGAAGCCTAGTATTCCACCCAAGGAGTGCTAATTG
GACATTACGACGAGTAATGAACAGGTAAAAACATGAATTCTAGTTTGCAAAATGCCAGACAACAGAAATTGCCGGTGT
GCACTGTGCGAAAATCATTGGAG
CCTCCTTTGTAAAGAATCTCATTGGTTTGCACTTCTCCCTTATCTACGTACTCCA
TGATGAATGCATCCTCAGATAACATCG
CCCTAGAGGTACAAAGTTAGGCCAT
AAAATAGACTTTTCAAGAGGATTTGATTTGGGGATGTATGTACCACGATCCATTTCTTACTTGAGGTTTTGAGCATCACAGAGATAAG
AGGAGAAATTAAATCACCTCGGATGTTGCCACTATCGCCAATACACTTCTCAAC
GGCTAGGGTCAATCCACTTATAAATTGAATACAACTGAATGAGACTTATGCTACCAAGGGAATGCCATCGTGTCGTCAT
ACTAGGAGATACACAAGGTTTGAGAAAGATTCACTGTCTTGTGGTTGCAGTTT
TGACTTCTCTCACCTAGCAAAGCTA
ACGGGCAGGAAGATTTGGAATT
CAGGAGGGAAAGGCTCTACATG
TTCCAAACAGAAGTATACATAACATGCACTCTTGTAGTGCTTGGGAAAGATGC
CTTCTTGGTCATTTCTGGTGGTAGTTTATAGTCAAACAGTTTGAACTCAGAAATACCAGGCTATAGAAACTTTTCATCAGCTCAGAACTCAAATTCACTACCAGTACAGAATGTCAATCGCGAGCTAATTAGCACAAATTTTACACTACCTTTGCAATGTGCATGCAGTTTG
AATTCGTAATGTGGCAAGATGACAGTA
AGACGAGAAAGTTGTAGTTTAGAATGGG
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中华人民共和国国家标准
GB/T38551-2020
植物品种鉴定
MNP 标记法
Identification of plant varieties--MNPmarkermethod2020-03-06发布
国家市场监督管理总局
国家标准化管理委员会
2020-10-01实施
规范性引用文件
术语和定义
试剂或材料
仪器设备
测定步骤
操作要求
DNA提取
多重PCR扩增与文库构建
高通量测序
测序数据质量控制
8结果分析
结果计算
结果判定
附录A（规范性附录）
MNP标记引物
水稻MNP标记引物
玉米MNP标记引物·
大豆MNP标记引物
棉花MNP标记引物·
花生MNP标记引物
谷子MNP标记引物
西瓜MNP标记引物
甜瓜MNP标记引物
黄瓜MNP标记引物
艾草MNP标记引物·
番茄MNP标记引物
辣椒MNP标记引物·
白菜MNP标记引物
龙眼MNP标记引物·
荔枝MNP标记引物·
猕猴桃MNP标记引物
GB/T38551—2020
本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。本标准由中国标准化研究院提出并归口。GB/T38551—2020
本标准起草单位：江汉大学、武汉明了生物科技有限公司、中国标准化研究院、农业农村部科技发展中心、北京工商大学、北京市农林科学院蔬菜研究中心、湖南杂交水稻研究中心、华南农业大学、张家口市农业科学院、深圳华大智造科技有限公司。本标准主要起草人：彭海、方治伟、李论、马爱进、周俊飞、温常龙、李甜甜、唐浩、陈红、崔野韩、张嘉楠、贾英民、许娜、宋书锋、胡美霞、符习勤、赵治海、梁勇、徐振江、高利芬、陈利红、韩瑞玺、张蝶、张静、余进文。
1范围
植物品种鉴定MNP标记法
GB/T38551—2020
本标准规定了植物品种鉴定多核苷酸多态性(MNP)标记法的原理、试剂或材料、仪器设备、测定步骤、结果分析。
本标准适用于水稻（OryzasativaL.）、玉米（ZeamaysL.）、大豆[Glycinemar（Linn.）Merr.」、棉花(Gossypium spp.）、花生（Arachis hypogaea L.)、谷子(Setaria italica）、西瓜（Citrullus lanatus）、甜瓜（CucumismeloL.）、黄瓜（CucumissativusL.）、艾草（Artemisiaargyi）、番茄（Lycopersiconesculen-tumMill.）、辣椒（CapsicumannuumL.）、白菜[Brassicapekinensis（Lour.）Rupr.J、龙眼（DimocarpuslonganLour.）、荔枝（LitchichinensisSonn.）、猕猴桃（ActinidiaChinensis）的原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定。其他植物品种鉴定可参考本标准。2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T3543.2农作物种子检验规程扦样GB/T6882声学声压法测定噪声源声功率级和声能量级消声室和半消声室精密法GB/T19557.1植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南总则NY/T2594植物品种鉴定DNA分子标记法总则3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。3.1
多核苷酸多态性multiplenucleotidepolymorphism；MNP在基因组水平上由多个核苷酸引起的序列多态性。3.2
essentialderivedvariety;EDV
实质性派生品种
由原始品种派生或者由原始品种的实质性派生品种再次派生，且保留了原始品种的基因型或基因型组合产生的基本特性，但与原始品种存在明显差别的品种。3.3
变异度degreeofvariance
异型株(非典型植物)占总观测植株的百分率。3.4
平均覆盖倍数averagecoverage
比对到标记位点上的测序片段数目与标记位点数目的比值。3.5
检出的标记位点detectedmarkers至少有一个等位基因型有20条及以上测序片段支持的标记位点。1
GB/T38551—2020
4原理
利用多重聚合酶链式反应(PCR)和二代高通量测序扩增并检测样品基因组上的MNP标记位点，分析测序数据，获得标记位点的分型结果和鉴定结论。5试剂或材料
除非另有规定，仅使用分析纯试剂。5.1水:GB/T6882一级。
5.2多重PCR扩增与文库构建试剂盒。5.3
高通量测序试剂盒。
5.4MNP标记引物：见附录A。
仪器设备
高通量测序仪。
7测定步骤
7.1操作要求
样品准备、DNA提取、多重PCR扩增与文库构建、高通量测序在规定的区域按单一方向进行操作且保持实验室通风良好。不同区域的仪器设备应专用。7.2取样
7.2.1样品应为从变异度不高于5%的植物品种群体中抽取的个体样本混合物。7.2.2从植物品种群体中抽取的个体的数量宜满足NY/T2594要求。7.2.3样品中个体的类型宜为幼嫩且新鲜的叶、根、茎、胚等器官或组织，也可为种子。7.2.4从植物品种群体中的抽样应具有代表性。农作物种子扦样应符合GB/T3543.2要求。7.3DNA提取
提取与纯化的DNA溶液应在260nm与230nm处的吸光度比值大于2.0；在260nm与280nm处的吸光度比值介于1.7与1.9之间；DNA电泳主带明显，无明显降解和RNA残留。7.4多重PCR扩增与文库构建
按多重PCR扩增与文库构建试剂盒的说明书进行DNA质控、多重PCR扩增、文库构建与纯化。其中，多重PCR的扩增循环数不高于20个。7.5高通量测序
按高通量测序试剂盒和高通量测序仪的操作说明进行高通量测序。高通量测序的平均覆盖倍数设置为700倍以上，测序长度大于标记引物在参考基因组上的扩增长度。
7.6测序数据质量控制
数据质量控制如下：
GB/T38551—2020
利用MLMNP品种鉴定软件将样品的测序数据比对到参考基因组的标记位点上，统计第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数C1；当C1小于500时，判定样品的测序数据量不足，从7.5或之前的步骤开始重新实验至第一次检测的标记位点的平均覆盖倍数C1大于或等于500；当C,大于或等于500时，进一步计算检出的标记位点的比例R，样品的检出的标记位点的数目和检测的标记位点的数目；当R，大于或等于95%时，判定测序数据合格；T
,其中,T和T分别为
一当R，小于95%时，判定文库构建可能失败，从7.3或之前的步骤开始重新实验至第二次检测的标记位点的平均覆盖倍数C2大于或等于500；当C2大于或等于500时，进一步计算第一次和第二次共同的检出的标记位点的比例R2二2T12
，其中，T12为第一次和第二次共同检出的标记位点的数目，T，和T2为第一次和第二T,+T2
次分别检出的标记位点的数目：当R2大于或等于95%时，判定测序数据合格。8结果分析
结果计算
遗传相似度按式(1)计算：
n×100%
式中：
-待测品种与对照品种的遗传相似度；nj
待测品种与对照品种中均检出的但基因型无差异的标记位点的数目；一待测品种与对照品种中均检出的标记位点的数目。8.2结果判定
8.2.1原始品种的鉴定
（1）
当对照品种为在待测品种植物新品种权申请日前的所有已知品种时，判定待测品种是否为原始品种。
当待测品种与所有对照品种间的遗传相似度GS均小于a时，判定待测品种为原始品种。其中，α为按有关法规确定的待测品种所在植物的实质性派生品种的判定阈值。8.2.2实质性派生品种的鉴定
当对照品种为原始品种时，判定待测品种是否为对照品种的实质性派生品种。当GS小于a时，判定待测品种不是对照品种的实质性派生品种；当GS大于或等于α时，判定待测品种是对照品种的实质性派生品种。3
GB/T38551—2020
8.2.3品种真实性鉴定
8.2.3.1水稻、玉米、大豆、棉花、花生、谷子、西瓜、甜瓜、黄瓜、番茄、辣椒、白菜、猕猴桃按以下判定：-当GS小于96%时，判定待测品种与对照品种为“不同品种”；当GS大于或等于96%且小于99%时，判定待测品种与对照品种为“近似品种”；当GS大于或等于99%时，判定待测品种与对照品种为“极近似品种或相同品种”8.2.3.2艾草、龙眼、荔枝按以下判定：当GS小于91%时，判定待测品种与对照品种为“不同品种”；当GS大于或等于91%且小于99%，判定待测品种与对照品种为“近似品种”；当GS大于或等于99%时，判定待测品种与对照品种为“极近似品种或相同品种”8.2.3.3对“近似品种”或“极近似品种或相同品种”的样品，可按GB/T19557.1进一步进行田间种植鉴定。
水稻MNP标记引物
水稻MNP标记引物见表A.1。
染色体
（规范性附录）
MNP标记引物
正向引物（从5'端到3'端）
水稻MNP标记引物
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GB/T38551—2020
反向引物（从5'端到3'端）
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GB/T38551—2020
染色体
正向引物（从5'端到3'端）
表A.1（续）
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反向引物（从5'端到3'端）
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染色体
正向引物（从5'端到3'端）
表A.1（续）
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反向引物（从5'端到3'端）
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GB/T38551—2020
染色体
正向引物（从5端到3'端）
表A.1（续）
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反向引物（从5'端到3'端）
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