GB/T 40188-2021.Technical code of breeding practice with molecular marker assisted selection for livestock and poultry.
1范围
GB/T 40188规定了畜禽分子标记辅助育种的基本要求和操作要求。
GB/T 40188适用于猪、牛、山羊、绵羊和鸡的分子标记辅助育种,其他动物育种可参考使用。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
NY/T 821猪肌肉 品质测定技术规范
NY/T 822种猪生产性能测定规程
NY/T 825瘦肉型猪胴体性状测定技术规范
NY/T 828肉 鸡生产性能测定技术规范
NY/T 1236绵 、山羊生产性能测定技术规范
NY/T 1450中国荷斯坦牛生产性能测定技术规范
NY/T 1673 畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程
NY/T 2123蛋鸡生产性能测定技术规范
NY/T 2660肉牛生产性能测定技术规范
转基因动物及其产品成分检测DNA提取和纯化(农业部2406号公告-7-2016)
3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
标记辅助选择 marker assisted selection ; MAS
利用与目标性状紧密连锁的DNA分子标记对目标性状进行间接选择的育种技术。
3.2
标记辅助最佳线性无偏预测 marker assisted best linear unbiased prediction ; MA-BLUP
适用于畜禽MAS的一.种混合线性模型方法,该混合线性模型将个体育种值剖分为前景分子标记效应与背景微效多基因效应两部分,通过混合模型方程组(MME)同时求解分子标记效应与微效多基因效应,畜禽个体估计育种值为分子标记效应和微效多基因效应之和。

ICS65.020.30
中华人民共和国国家标准
GB/T40188—2021
畜禽分子标记辅助育种技术规程Technical code of breeding practice with molecular marker assistedselectionforlivestockandpoultry2021-05-21发布
国家市场监督管理总局
国家标准化管理委员会
2021-12-01实施
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本标准按照GB/T1.12009给出的规则起草。标准由中国标准化研究院提出并归口。GB/T40188—2021
本标准起草单位：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所、华中农业大学、中国标准化研究院本标准主要起草人：李牵、刘志国、书红、朱猛进、关添文、李新云、牟玉莲、土冰源、马爱进，rrKaeerkAca-
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1范围
畜禽分子标记辅助育种技术规程本标准规定了畜禽分了标记辅助育种的基本要求和操作要求GB/T 40188—2021
本标准适用丁猪、牛、山羊、绵羊和鸡的分子标记辅助育种，其他动物育种川参考使用。2规范性引用文件
下列文件对丁本文件的应用是必不可少的：凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用丁本文件。凡是不注期的引用文件.其最新版本（包括所有的修改单)适用于本文件。NY/T821猪肌肉品质测定技术规范种猪生产性能测定规程
NY/T 822
瘦肉型猪响休性状测定技术规范NY/T 825
NY/T 828此内容来自标准下载网
肉鸡生产性能测定技术规范
NY/T1236绵、山羊牛产性能测定技术规范NY/T 1450
中国荷斯坦牛生产性能测定技术规范NY/T1673畜禽微卫屋DNA遗传多样性检测技术规程蛋鸡生产性能测定技术规范
NY/T2123
NY/T2660肉牛牛产性能测定技术规范转基因动物及H品成分检测DNA提取和纯化（农业部2406号公告-7-2016）3术语和定义
下列术语和定义适用丁本文件，3.1
标记辅助选择
marker assisted selection:MAs利用与目标性状紧密连锁的DNA分子标记对目标性状迹行问接选择的育种技术，3.2
标记辅助最佳线性无偏预测markerassistedbestlinearunbiasedprediction：MA-BLU适用于备禽MAS的-种混合线性模型方法，该混合线性模型将个体育种估剖分为前景分子标记效应与背景微效多基因效应两部分,通过混合模型方程组(MME)同时求解分子标记效应与微效多基因效应，畜禽个体估计育种值为分子标记效应和微效多基因效应之和。3.3
netmolecularscore
分子净值
在畜禽MAS的选择指数中，山分子标记效应值构成的部分，本质为与分子标记相关的所有数量性状基因座（quantitativetrait locus，QTl)加性效应的总和。3.4
选择指数selectionindex
畜禽MAS的一种方法·由分了净值与个体表型值的离差值两部分加权合并而成，1
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GB/T40188—2021
4基本要求
4.1标记辅助选择的适用范围和条件应满足以下基本要求：a）已知月标性状的主效基因或与之紧密连锁的标记，H分型标记来白主基因内部或与之紧密连锁的侧翼标记
b）单基因或京基因的标记辅助选择主要适用于质量性状、阅性状（如疾病性状)以及数量性状已知主基因或人效应位点的情形：多基因标记辅助选择的适用对象主要为数量性状或多阈性状（如猎的产仔数)；c
d）多基因标记辅助选择应已知月标性状的若干位点或关联标记，亢利用少量标记：c）分了标记类型一般是单核苷酸多态性。4.2标记辅助选择的实施单位或委托单位应具各样品采集、运输、标识和诺存、表型测定与采集、基因分型的试验条件和技术人员，确保表型、基因分型数据的完整性和可追溯性，4.3标记辅助选择由·系列程序或活动组成，包括生物样品采样、IDVA提取和纯化、INA定量分析、基因分型、分了标记或与分了标记连锁QTI.的基因型（或基因型组合)的判定、个体育种值/选择指数评估、日标个体的保留与淘汰等环节，5操作要求
5.1采样
5.1.1样品以是组织样、血液样，也可以是可提取DNA的生物学样品。5.1.2样品采集需要避免个休间IVA交义污染，每个个体的采样工具需要更换或清洗5.1.3样品采集后应冷冻保存。
5.1.4采样时.需要填写采样人、采样地点、采样日期、被采个体耳号（或其他有效记录个体身份的编号）样品编号等.并妥善保存采集样本照片以及相关记录。5.2DNA提取与纯化
按照NY/I1673以及《转基因动物及其产品成分检测INA提取和纯化》中的规定执行，5.3基因分型
5.3.1基因或标记位点的选择
成衍合孟德尔遗传定律，且其有多态性，宜选择经过验证的基因或标记，5.3.2分型
单基因标记采用基丁PCR扩增产物的相关方法判读基因型（如PCR-RFLP、PCR-SSCP等）。多基因标记可采用分别针对每个标记分型的策略，亦可采用适合多基因标记分型的其他方法开展基因分型（如小型芯片，Sequenom等），5.4表型测定
5.4.1适用范围
单基因标记辅助选择无需进行表型测定，寡基因和多基因标记辅助选择宜进行表型测定以增加选择的准确性。
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5.4.2猪的表型测定
5.4.2.1猪肌肉品质测定的指标、方法和条件按照NY/821规定执行。GB/T 40188—2021
5.4.2.2种猪生性能测定的基本条件，受测猪的选择，测定项目、方法及结果的评定方法按照NY/T822规定执行。
5.4.2.3瘦肉型猪躺体性状测定的方法按照VY/T825规定执行5.4.3牛的表型测定
5.4.3.1中国荷斯牛生性能测定内容、操作步骤和要求按照NY/T1450规定执行。5.4.3.2肉牛主要生产性能测定的性状与方法按照NY/T2660规定执行。5.4.4羊的表型测定
绵羊、山羊生产性能测定按照VY/T236规定执行。5.4.5鸡的表型测定
5.4.5.1蛋鸡生产性能测定的基本条件、受测品种的要求、种蛋取样、测定数量和重复数、测定项日、测定和统计方法、饲养管理条件、饲料要求、记录档案、检验报告等要求按照NY/T2123规定执行。5.4.5.2肉种鸡、商品肉鸡生产性能测定的程序，项月和条件按照NY/T828规定执行。5.5标记辅助选择
5.5.1单基因或寡基因的标记辅助选择5.5.1.1直接选择
占接根据育种群的基因分型结果，汰非理想基因型或基因型组合的个体，保留理想基因型或基因型组合的个体。
5.5.1.2两阶段选择法
在直接选择法基础1增加传统遗传评估环节。第一阶段，根据育种群的基因分型结果，保留理想基因型或基因型组合的个体，淘汰非理想基因型或基因型组合的个体。，第二阶段，对保留个体组成的育种群，实施传统遗传评估，根据目标性状的个体育种值选留优秀亲本。5.5.2多基因标记辅助选择
5.5.2.1选择指数
计算分子净值和表型离差，加权分子净值和表型离差，构建选择指数（参见附录A），根据个体选择指数的计值排序，按预设留种率选留优秀亲本5.5.2.2MA-BLUP
利用MA-BLLP模型（参见附录B)整合系谱、表型和标记信息估计个体MA-BLUP育种值并排序，按预设留种率选留优秀亲本。3
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GB/T40188—2021
选择指数计算见式（A.1)：
式中：
附录A
（资料性附录）
选择指数公式及说明
衣型离差在选择指数中所占的权重；表型离差；
b。—一分子净值在选择指数中所上的权重；m
分子净值，
如果6设为1，那么0计算见式（A,2)：b=(1/h-D/(1-p)
式中：
性状狭义遗传力的遗传方差比例：性状分子标记解释的遗传方差比例。+++++++++( A.l )
-股利用多元回归方法捕获与QTL有连锁不平衡（linkagedisequilibrium，LD)的标记效成，累加标记杆关的所有QTLs的川性效应侦，得到分子净值，道过个体表型值与群体均估得到个体表型值的离差值。对于多性状，可以用直接求和的方式，或名以各性状经济值加权求和的方式，合并不同性状的选择指数，构建出一个综合选择指数。-rrKaeerkAca-
附录B
(资料性附录）
MA-BLUP模型及说明
MABLUP基本模型计算见式（B.1)：y=Xh+Wa+Zu+e
式中：
性状表型值向量：
b的关联矩阵；
一非遗传固定效应向量；
—a的关联矩阵；
分了标记提供的前景遗传效应值；的关联矩陈：
系谱信息提供的背景遗传值，即剩余多基因加性效应间量；个体随机残差向量。
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+++++++++++++++++++( 13.1)
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中华人民共
国家标准
畜禽分子标记辅助育种技术规程GB/T 40188 2021
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2021年5月第一版
书号：135066：163921
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