标准简介
SN/T 4876.1-2017.DNA barcode-Part 1 :Quarantine Coptotermes spp.
1范围
SN/T 4876.1规定了我国检疫性乳白蚁的DNA条形码检测方法。
SN/T 4876.1适用于我国进境植物检疫性乳白蚁DNA条形码的测定、结果的比对分析与判定。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
SN/T 1105大家白蚁检疫鉴定方法
3术语 和定义
下列术语和定义适用于本文件。
3.1DNA条形码DNA barcodes
一段短的、标准化的基因片段,用于区分不同的物种。该片段在种间存在明显的遗传变异和分化并容易进行PCR扩增。DNA条形码技术主要用于物种识别和新种发现。
3.2凭证标本voucher specimens
DNA条形码的实物参考凭证,凭证标本信息包括馆藏信息、采集信息、鉴定信息,用于复核。模式标本是用于分类学研究的凭证标本。
3.3COIl基因
线粒体基因组的蛋白质编码基因,全称为细胞色素c氧化酶亚基II (cytochrome c oxidase subunit II),由于该基因进化速率较快,常用于分析亲缘关系密切的种、亚种及地理种群之间的系统关系。
标准内容
中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T4876.1—2017
DNA条形码方法
第1部分:检疫性乳白蚁
DNA barcode-Part 1:QuarantineCoptotermes spp.2017-07-21发布
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2018-03-01实施
本部分为SN/T4876《DNA条形码方法》系列标准的第1部分。本部分按照GB/T1.1一2009给出的规则起草SN/T4876.1—2017
请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本部分由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本部分起草单位:中华人民共和国珠海出人境检验检疫局,中华人民共和国江苏出人境检验检疫局、中华人民共和国深圳出人境检验检疫局、中华人民共和国湖北出人境检验检疫局。本部分主要起草人:张卫东、权永兵、许彩芸、钱路、黄永辉、迟远丽、徐浪、廖力、徐森锋、余道坚安榆林、王振华。
1范围
DNA条形码方法
第1部分:检疫性乳自蚁
SN/T4876的本部分规定了我国检疫性乳白蚁的DNA条形码检测方法。SN/T4876.1-2017
本部分适用于我国进境植物检疫性乳白蚁DNA条形码的测定、结果的比对分析与判定。2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件SN/T1105大家白蚁检疫鉴定方法3术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。3.1
DNA条形码
DNA barcodes
一段短的、标准化的基因片段,用于区分不同的物种。该片段在种间存在明显的遗传变异和分化并容易进行PCR扩增。DNA条形码技术主要用于物种识别和新种发现。3.2
凭证标本voucherspecimens
DNA条形码的实物参考凭证,凭证标本信息包括馆藏信息、采集信息,鉴定信息,用于复核。模式标本是用于分类学研究的凭证标本3.3
COⅡ基因
线粒体基因组的蛋白质编码基因,全称为细胞色素c氧化酶亚基Ⅱl(cytochromecoxidasesubuniⅡ),由于该基因进化速率较快,常用于分析亲缘关系密切的种、亚种及地理种群之间的系统关系4乳白蚁基本信息
中文名称:乳白蚁
学名:Coptotermesspp.
分类地位:等翅目Isoptera,鼻白蚁科Rhinotermitidae,乳白蚁属CoptotermesWasman。乳白蚁属是世界性的重要害虫种之一,目前全世界有效定名的乳白蚁近70种。主要危害房屋建筑中的木结构,也危害埋地塑料和绿化树木。乳白蚁近距离传播靠成虫飞行扩散,远距离传播主要借助于原木、板材、木方及木质包装等铺垫材料等扩散1
SN/T4876.1—2017
5方法原理
根据乳白蚁的COⅡ序列特征,应用DNA条形码技术对乳白蚁进行鉴定。仪器设备、用具及试剂
6.1仪器设备与用具
常规PCR仪、微量分光光度仪、电泳仪、凝胶成像系统、酸度计、测序仪、高速冷冻离心机、生物安全柜、烘箱、高压灭菌锅、解镜、天平(感量17摇床、水浴锅、制冰机、纯水仪、旋涡震荡器、一70℃冰箱、冰箱、微量移液器(0.5μL,2μL.10μL.20μL,100L,200μL1000μL)、PCR反应管(o.2mL
0.5mL)。
6.2试剂
除另有规定外,所有试剂均为分析纯或生化试剂提取液(含1%SDS、50mmol/LTris-HCl.25mmol/LNaCl.25mmol/LEDTA).3mmol/LKAc(pH7.2)、Tris饱和酚、蛋白酶K、氰仿、异戊醇、异丙醇、75%乙醇、无水乙醇、RNaseA、10×PCR缓冲DL2000Marker、琼脂糖、溴化乙液、脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)TagDNA聚合酶引物(见表1)、锭(EB)。
表1扩增引物
目标基因
7DNA条形码鉴定
样品的处理
5*-GTGCATT
物序列
5-CTTGCTTTCAGTCATCTGATG-3
扩增片段大小/bp
样品的处理见SN/T1105。尽可能选择新鲜标本,标本保存于无水乙醇中,每份标本单管保存,并做好唯一性标识。
核酸的制备
取白蚁于双蒸水中漂洗,吸水纸吸干,解剖镜下剔除腹部,取胸部肌肉和足置于1.5mLEppendorf管中,加入4oμL提取液(含1%SDS,50mmol/LTris·Cl25mmol/LNaCl.25mmol/LEDTA),放置于一70℃冰箱中,4min后取出,用牙签捣碎,勾浆,加入等体积的3mmol/LKAc(pH7.2),冰上放置1h,酚/氯仿提取基因组DNA,溶解在H2O中,用微量分光光度仪测定DNA浓度和纯度后,将样品于一20℃保存备用。
核酸制备也可采用昆虫DNA提取试剂盒法。7.3DNA纯度与浓度的测定
用微量分光光度仪测定DNA的纯度与浓度,分别取得260nm和280nm处的吸收值,计算核酸的2
纯度和浓度,计算公式如下:
DNA纯度=OD260/OD280
DNA浓度=50×OD260μg/mL
PCR级DNA溶液的OD260/OD280比值应为1.7~1.9。7.4PCR检测免费标准下载网bzxz
7.4.1PCR扩增
SN/T4876.1—2017
每个样品设置两个平行反应,同时设置空白核酸提取对照和空白扩增对照。PCR反应体系总体积为50μL,包含5μL10×PCR缓冲液(含Mg)、4μL的dNTP混合物(各10mmol/mL)、上下游引物各2μL(10μmol/mL)、rTaqDNA聚合酶1μL(5U/μL),20ng~100ngDNA模板,最后加ddHO补充至总体积为50uL,体系配好后进行PCR扩增。PCR反应条件为:94℃预变性5min;35个循环为94℃变性1min.58℃退火45s、72℃延伸1min;最后72℃延伸5min,结束后产物于4℃冰箱保存。7.4.2琼脂凝胶电泳
取5μLPCR产物,在1.5%琼脂糖凝胶(5V/cm)电压进行电泳,EB染色,凝胶成像系统观察、拍照。
7.4.3PCR产物回收和克隆测序
取剩余PCR扩增产物45μL,使用DNA产物纯化试剂盒纯化回收产物,进行克隆测序。7.4.4DNA序列数据的处理
使用DNA测序仪对目的条带进行双向测序,PCR扩增引物作为测序引物,测序原理同Sanger测序法。为确保测序结果的可靠性,需对测序质量进行评估,去除测序结果两端的低质量序列,质量评估以碱基的Q值为依据。应用软件进行序列拼接,去除引物区,获得包含685bp大小的完整COⅡ基因序列,序列方向应与PCR扩增正向引物方向8结果判断
8.1中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统判定登录中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统(http://qbol.org.cn),点击“物种识别”导航条,进人物种识别页面。在鉴定框内输人FASTA格式(或纯文本格式)序列后,点击“提交鉴定”,系统进行BLAST后,自动生成鉴定结果。当相似度最高的10条序列为相同物种,最大相似度在98%以上,且COⅡ结果相符,可明确判定为该物种(参见附录A);否则请辅以其他鉴定方法。8.2国际通用数据库判定
登录GenBank数据库BLAST鉴定系统(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),在BLAST结果中查看序列相似性最高的物种,COⅡ基因序列结果与已知乳白蚁种类基因序列相似性最高,相似度最高的10条序列为相同物种,且最大相似度在98%以上,可明确判定检出相应的乳白蚁种类。常见的乳白蚁种类COⅡ基因序列表信息参见附录B。3
SN/T4876.1—2017
标本与原始数据保存
9.1标本保存
采集到的标本应乙醇浸渍低温保存,并注明货物来源,寄主,采集时间、地点及采集者,保存期为1年,以备复验,如涉及贸易纠纷则应保存到纠纷解决完毕。保存期满后,按后期用途长久保存或处理。原始数据保存
样品检测结束后,其原始记录单和检验报告或证书应归档,妥善保管,以备复验、谈判和仲裁。4
附录A
(资料性附录)
中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统操作方法中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统操作方法见图A.1、图A.2。中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统DNA BARCODEAPPRAISALSYSTEM ON CHINESEQUARANTINEPESTS首页
动物整定
COI&ITS
植物有害生物动物疫病
真菌鉴定
输入fasta格式的序列
ATGACAACATGATTAAACATAA
TAAAAAGGA
AACACTAAAAGCA
AGICFGA
GTATCO
提交鉴定
植物鉴定
(rbcL&matk&ITS]
CAATGATCIGAAGATA
微生物鉴定
医学蝶介
物种识别
LGAAACAAL
O2012-2015中国检检检度科学研究院质权所有图A.1
物种识别页面
中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统DNA BARCODE APPRAISAL SYSTEM ON CHINESE QUARANTINE PESTS百页
序列些离码
CYTC5223-
CYTC5229-
CYTC5240-
CYTC4896-
CYTC417-12
CYTC4888-
CYTC423-12
植物有害生物
Chordata
Chordata
Chordata
Chordata
Chordata
Chordata
Chordata
Mammalia
Mammalia
Mammalia
Mammalia
Mammalia
Mammalia
Mammalia
动物病
Artiodactyla
Artiodactyla
Artiodactyla
Artiodactyla
Artiodactyla
Artiodactyla
Artiodactyla
医学媒介
相似样本鉴定结果
Bovidae
Bavidae
Bovidae
Bovidae
Bovidae
Bovidae
Bovidae
物种识别
SN/T4876.1—2017
收票|进入管理系统
凭证标本
关于我们
ETCITATCCTTLTE
LAGAACAT
GGACAACCGAATI
GAAAOT
收基|进入营理系统
凭证标本
关于我们
相似度
Bos taurus
Bos taurus
Bos taurus
Bos taurus
Bos taurus
Bos taurus
Bos taurus
鉴定结果页面
遇传标记
E-Value
3.07868e-08
3.07868e-08
3.07868e-08
3.07868e-08
3.07868e-08
3.07868e-08
3.07868e-08
SN/T4876.1—2017
附录B
(资料性附录)
常见乳白蚁种类线粒体细胞色素氧化酶基因(COⅡ)序列常见乳白蚁种类线粒体细胞色素氧化酶基因(COⅡI)序列见表B.1。表B.1
C.acindciformis
C.brunneus
C.curvignathus
C.dreghorni
C.frenchi
C.formosanus
C.gestroi
C.kalshoveni
c.lacteus
C.michaelseni
C.sepangensis
C.sjostedti
C.testaceus
C.travians
C.truncatus
常见乳白蚁种类线粒体细胞色素氧化酶基因(COⅡ)序列信息中文名
短不乳白蚁
阿曼乳白蚊
曲颚乳白蚁
大唇乳白蚁
台湾乳白蚁
格斯特乳白蚁
卡肖乳白蚁
澳洲乳白蚁
塞庞乳白蚁
非洲乳白蚁
南美乳白蚁
南亚乳白蚁
GenBank登录号
KJ918272.KJ918281,KJ918276,KJ918273,KJ918270,KJ918269,KJ918267,KJ918282.KJ918275,AB005583,DQ367827.KJ918806,KJ918274,KJ918278,AF262610.KJ918277KJ918340.KJ918250.KJ918338,KJ918337KJ907839,KJ907838,KJ918339,KJ918336,KJ918279.
KJ918280.DQ367826
KJ918335.
923247.JF923246.JF923245
KJ918305
AJ854177AJ854179,FJ384634,AJ854180,AJ854178KJ918313
KJ918342.KJ918320,KJ918302.KJ918322,KJ918343KJ918308.KC
15425.KU925203.KJ918309.KJ918307.KC515433,KC515
5415,AB626147.AB626146.AB626145.AY683218.FJ8705
77,FJ870566,AB109529,AY683212.AY168204-AF107488,KC515424,AY027489,AY536403.AY536404,EF056707
KC515409,
AJ854173
KC51541
1.KC515408.KC515403.AJ854175.AJ854176AJ854174KU925205,GQ994994,AY536402,KC515
414,HQ231233,EF379956,AJ854171,EU805750.EF3
9953.EF379955.EF379954.EF379945.EF379951,EF8
879947.EU805757.EF379944.JX128695.JX128693.FJ384649.AJ854172.AY295078KU925210.KU925209.AJ854168.AJ854167.AJ854166KU925211,KJ918299,KJ918292,AY536410.DQ367840.EU253886AF220600.FJ806883.KJ918258.KJ918257.JX144934,DQ367841,KJ918296
KU925212,KJ918326.KJ918349,KJ918348.KJ918346.KJ918316.DQ367839.DQ367838
AJ854163.KU925214.KU925215
KU925216
KU925218.KU925220.KU925219.DQ442102KU925221.KU925222.AJ854170.AJ854169KJ918303.FJ818986
参考文献
SN/T4876.1—2017
[iJHebertPDN,Cywinska A,Ball SL,et al.Biological identifications through DNA barcodes.ProcRSocLondB.2003,270(1512):313-321.[2]Margaret C G,Rubinoff D,Grace J K.Phylogenetic analysis of subterranean termites (Coptotermes spp.,Isoptera: Rhinotermitidae) indicates the origins of Hawaiian and North American invasions: potential implications for invasion biologyLJJ.Proceedings of Hawaiian Entomological Society,2008,40:1-9.
[3JScheffrahn RH,Krecek J,BoudanathJK,et al.Establishment of the African termite,Coptotermes sjostedti (Isoptera: Rhinotermitidae),on the island of Guadeloupe,French West IndiesJJ.Systematics,2004,97(5):872-876.[4]LahayeR,van der Bank M,Bogarin D,et al.DNA barcoding the floras of biodiversityhotspots.ProcNatlAcadSciUSA,2008,105(8):2923-2928.SchindelDE,MillerSE.DNAbarcoding,auseful tool fortaxonomists.Nature,2005,435:17.[5]
陈士林.中药DNA条形码分子鉴定.北京:人民卫生出版社,2012:1-510.
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