SN/T 4279-2015.Administration requirement for DNA barcoding identification laboratory of medical insect at frontier ports.
1范围
SN/T 4279规定了国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室应具备的条件和管理要求等。
SN/T 4279适用于国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室(以下简称实验室)的建立和管理。
2规范性引用文件.
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB 19489实验室生物安 全通用要求
GB/T 22239信息安全技术 信息 系统安全等级保护基本要求
SN/T 1876医学媒介 生物标本采集、制作及保存规程
SN/T 2752.4卫生检疫 人员的自我防护规范第4 部分:实验室人员
SN/T2776国境口岸医学媒介生物监测实验室管理要求
WS/T230临床诊断中聚合酶链反应(PCR)技术的应用
3术语
下列术语和定义适用于本文件。
3.1 DNA条形码 DNA barcode
生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。DNA条形码已经成为物种鉴定的重要工具,在医学媒介昆虫中,一般是指线粒体COI(线粒体细胞色素C氧化酶亚基I)上的658 bp的标准片段。
3.2DNA条形码鉴定技术DNA barcoding identification technique
一种利用DNA条形码基因片段进行生物物种鉴定和系统进化关系研究的技术,建立在基因扩增和序列比对的基础之上,它具有不受物种发育状态、雌雄性个体及形态特征完整性与否的限制、减少对分类专家的依赖,不受主观因素影响、准确率高、借助互联网可以实现数据共享等特点。

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T4279—2015
国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室管理规范
Administration requirement for DNA barcoding identification laboratoryofmedicalinsectatfrontierports2015-05-26发布
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
副涂层查真优
2016-01-01实施
本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。SN/T4279—2015
本标准起草单位：中华人民共和国广东出人境检验检疫局、中华人民共和国河北出人境检验检疫局。
本标准主要起草人：邱德义、岳巧云、陈健、刘德星、聂维忠、魏晓雅、吴可量、胡佳、1
1范围
国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室管理规范
SN/T4279—2015
本标准规定了国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室应具备的条件和管理要求等本标准适用于国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室（以下简称实验室）的建立和管理。2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB19489实验室生物安全通用要求GB/T22239信息安全技术信息系统安全等级保护基本要求SN/T1876医学媒介生物标本采集、制作及保存规程SN/T2752.4卫生检疫人员的自我防护规范第4部分：实验室人员SN/T2776
WS/T230
3术语
国境口岸医学媒介生物监测实验室管理要求临床诊断中聚合酶链反应(PCR)技术的应用下列术语和定义适用于本文件。3.1
DNAbarcode
DNA条形码
生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。DNA条形码已经成为物种鉴定的重要工具，在医学媒介昆虫中，一般是指线粒体COI（线粒体细胞色素C氧化酶亚基I)上的658bp的标准片段
DNA条形码鉴定技术DNAbarcodingidentificationtechnique-种利用DNA条形码基因片段进行生物物种鉴定和系统进化关系研究的技术，建立在基因扩增和序列比对的基础之上，它具有不受物种发育状态、雌雄性个体及形态特征完整性与否的限制、减少对分类专家的依赖、不受主观因素影响、准确率高、借助互联网可以实现数据共享等特点。3.3
国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定实验室DNAbarcodingidentificationlaboratoryofmedicalin+sect at frontier ports
对国境口岸地区及出人境交通工具、货物、集装箱、行李、邮包等截获或者本底调查中所获得的医学媒介昆虫利用DNA条形码技术进行鉴定的实验室。除此之外，该实验室还具有媒介昆虫种属鉴定和标本制作等功能。
SN/T4279—2015
medicalinsects
医学媒介昆虫
其幼体或成体通过叮咬或者与人类密切接触，直接或者间接地将所携带的病原体传播给人、畜，并使人、畜致病的昆虫纲动物，主要包括蚊类、蝇类、墨嫌、类和蚤类等。广义的医学媒介昆虫还包括其他节肢动物，如蜱、螨（蛛形纲)等。3.5
凭证标本
voucherspecimen
获取DNA条形码等分子数据的来源标本。可以是一头标本的身体上的一部分组织，也可以是同一批同种标本中的一个个体，但必须与本标本的DNA条形码数据等分子凭证是一一对应的关系。凭证标本的保存非常重要，必须有唯一性的标本编号、存放、鉴定以及采集等详细信息，以便于日后查证。3.6
分子凭证molecularvoucher
与凭证标本相对应的基因组DNA、PCR产物、DNA条形码序列及峰图，做克隆还应包括含DNA条形码片段的阳性转化子。分子凭证的保存非常重要，必须有唯一性并和凭证标本一一对应的编号、存放等详细信息，以便于日后查证4缩略语
下列缩略语适用于本文件
BOLD：生物条形码数据系统（barcodingoflifedatasystem）NCBI：美国生物技术信息中心（National CenterforBiotechnologyInformation）5管理要求
组织管理
5.1.1组织管理应按照SN/T2776的要求，实行实验室主任负责制，设置技术负责人和质量负责人：建立和完善实验室人员岗位职责。5.1.2实验室应确保检测的规范性、公正性和独立性，不受商业、财务或其他利益冲突的影响。5.1.3实验室应制定和执行质量管理、人员监督程序，确保检测工作质量。实验室质量管理
5.2.1实验室应建立质量管理体系文件并遵照实施。5.2.2实验室质量管理体系文件应覆盖检测鉴定的整个过程5.2.3制定程序文件和操作规程的项目至少应包括：标本的制作及管理，仪器与设备的使用、维护和校准，试剂的采购与管理，生物安全管理，DNA条形码检测技术与方法，检测结果分析、记录及报告，电子档案管理，数据库维护等。
5.3实验室功能分区
5.3.1根据检测流程分设试剂准备区、标本前处理区、核酸提取区、核酸扩增区、凝胶成像区、数据处理区、标本室等，有条件的可以将每一区域设置为独立的房间。其中，核酸扩增区建设应符合WS/T230的要求
5.3.2鉴于DNA条形码扩增产物同源性高的特点，实验室需制定措施严防交叉污染，不同作业流程在2
不同作业区进行。
SN/T4279-—2015
5.3.3数据处理区除了拥有用于数据分析所必备的计算机、网络设备外，还应拥有用于员工卫生、休息、更衣等场所和设施，且与作业区相对独立。5.4人员管理
实验室应具备昆虫分类学、分子生物学、生物信息学等专业知识人员，建立持续培训机制，满足口岸医学媒介昆虫的鉴定及检测工作要求。5仪器设备管理
仪器设备管理除满足SN/T2776的要求外，还应包括满足医学媒介昆虫DNA条形码鉴定要求的分子生物学仪器、计算机、网络设施等5.6
安全管理
般要求和医学媒介昆虫生物安全管理。5.6.1实验室应满足GB19489和SN/T2776的一5.6.2实验室应按照SN/T2752.4的要求做好人员的防病原体污染等自我防护措施，5.6.3储存DNA条形码数据的计算机信息系统应能达到GB/T22239规定的第一级安全保护能力。5.7
样品管理
实验室应按照SN/T1876的要求做好医学媒介昆虫标本的制作和保存。5.7.2凭证标本应妥善永久保存：干制标本低温、低湿永久保存：浸泡标本要定期补充保存液，而且要密封；玻片标本的保存参照SN/T1876的要求。5.7.3分子凭证包括所检测样品的基因组DNA、PCR扩增产物、阳性克隆质粒等，超低温冷冻永久保存。
5.7.4应对所检测的样本及其分子凭证进行统一编号和分类标识。5.8信息管理
5.8.1凭证标本信息包括：标本名称、标本
成保存方式等
时间、鉴定人、鉴定时间、保存地点一性编号、采集地点的GPS定位的经纬度、采集人、采集5.8.2分子凭证需保存的信息包括：基因名称、引物名称及序列、测序的原始图谱及序列、如果克隆还需要有所使用的载体等信息，并且与凭证标本应一对应。
5.8.3无论是凭证标本还是分子凭证都需要建立台账，借阅和查询都需要登记。5.9档案管理
5.9.1档案管理应按照SN/T2776的要求，建立所测样本的完善档案，做好质量记录和技术记录5.9.2经序列分析及比对鉴定有效的DNA条形码数据上传已建立的医学媒介昆虫DNA条形码数据库，同时上传至BOLD系统和NCBI等公共数据库。上传公共数据库具体操作参见附录A。5.9.3建立台账，做好检测样品、凭证标本和分子凭证的保存和使用记录。5.9.4对于凭证标本和分子凭证的信息资料、序列分析（包括原始的序列和整理的序列）、鉴定报告等电子档案应做好备份。
5.10废弃物管理
对实验室废气、废液、废渣等废弃物的分类、收集、存放和集中处理，对有毒、酸、碱废弃物的处理，对生物安全废弃物的处理，对实验动物户体的处理和废弃物管理均应按照GB19489的要求。此外，对含核酸染料的废液和废胶单独收集和处理。3
SN/T4279—2015
（资料性附录）
在NCBI系统中上传DNA条形码数据操作流程登陆网站http：//ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/index.cgi?tool=barcode，进人画面如图A.1A.1
所示。
Borcode
BarcodeSubmissionTool
What are Barcodes?
Howdoe
ooldo?
with MyNCBI Login System?
Sannas
图A.1登陆上传窗口截图
点击SignintoSubmitBarcodeData进人画面如图A.2所示。A.2此内容来自标准下载网
NCB ResourcesHow To
Sign in toNCBI
Signinwith
Google
NH)Login
Commons
Cagnin
tlytoNCE
Eotgothicelusemame.or.oasawaicMr.foLan.NcBLaccosun
注册登录，见图A.3。
Yos Tite
MrNCBlOe
注册或者登录窗口截图
ustemize
Signinte.SubmtBarsedeDate
NOTE:ThSS
rernuoted
Submissions
NewSubmission(Thiswilldiscardyourincompletesubmission)IncompleteSubmission
Continue
Complete Submissions
Submitted Record Title
DownloadFile(.gz)
图A.3登录后窗口截图
Barcode
OfLife
SN/T4279—2015
登录后，Submissions栏点击Submission进行新DNA条形码的序列上传；IncompleteSubmission栏点击Continue继续之前未完成的序列上传；CompleteSubmissions栏点击DownloadFile（*·gz）可以下载查看已经完成上传的序列A.4点击Submissions进行新的DNA条形码序列上传工作，进人界面如图A.4所示。NCBI
BarcodeSubmissions
Contact Information
FirstName
LastName
Department
Institution
Street Address
State/Province
ZIP/Postal Code
Country
Pleaseprovidean altemateemail address toenAlternateEmail
Continue
Barcode
OfLife
nal).202-000-0000 (U.S.A)
that messages arereceived
图A.4新的DNA条形码序列作者信息录入窗口截图在这里需要填写该序列上传人的信息，按格式输人个人信息及联系方式。A.5
输人完毕，点击Continue，进入界面如图A.5所示。5
SN/T4279—2015
BarcodeSubmissions
Barcode
OfLife
ContactRoferonceNicloProteinPimeSourceMoaberaracaReiwand.etSubmission#1795635
SequenceAuthors
FirstNameMiddleinitial(s)LastNameAddmore sequence authors
ReferenceInformation#1
PleaseprovidethetitieandrelevantpublicationdePUBLICATION STATUS
Unpublishedin-PressOPub
Reference Title
REFERENCEAUTHORS
SameAsSequenceAutho
SpecityNewAuthors
Add AnotherReference
Continue
Suffix Remove
新的DNA条形码序列文章信息录入窗口截图在这里需要填写该序列有关的文章信息：Sequence
ssubmissior
Authors
序列作者名字；ReferenceInformation文章的信息，选择Unpublished、In-Press还是Published，输人文章题目；文章作者如和序列作者一样则选择SameAsSequenceAuthors，如不一样选择SpecifyNewAuthors并输人作者名字。A.6输人完毕，点击Continue，进人界面如图A.6所示。6
BarcodeSubmissions
Barcode
OfLife
Contact ReferenceNucleotideProteinn imernSourceModifersnTradosRevwandComectSubmission#1795635
SubmissionRelease Date
When maywe releaseyour sequencerecord?ImmediatelyAfterProcessing
OReleaseDate
Sequence(s) and Definition Line(s)Nucleotide Sequence(s)andDefinExampleFASTAnucleotideformat:tionLne
>Seg1[organism=genusspecies]Definitionaaccgatatagagagagga.
>Seq2[organ
atctgaatagagattatt
qenusspecies)
UploadFASTAfile
Continue
选择文件未选择文件
20-Feb-2004)
SN/T4279—2015
doIcreatea FASTA fle?
图A.6新的DNA条形码序列信息上传窗口截图传窗口，在此上传新序列。
该界面为新的DNA条形码序列上
SubmissionReleaseDate可选择序列发布的日期，Sequence（s）andDefinitionLine（s）为制作FASTA序列文件的参考格式，点击“选择文件”选择需要上传的FASTA文件
A.7上传完毕，点击Continue，进人界面如图A.7所示SNCBI
BarcodeSubmissions
Barcode
OfLife
ContactReferenceNucleotide ProteinPnmers SourceModifiersTracesRevew and CorreciSubmission#1795635
ProteinSequences
Useourconceptualtranslationsofyournucleotidesequences?UploadyourproteinsviaFASTAfile选择文件未选择文件HowdoIcreatea ProteinFASTAfile?Continue
图A.7上传序列翻译为蛋白质序列信息窗口截图在这里需要上传DNA条形码序列翻译成的蛋白质序列信息。可以选择使用NCBI内部的编码规7
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