标准内容
ICS11.220
中华人民共和国国家标准
GB/T 27521—2011
猪流感病毒核酸RT-PCR检测方法RT-PCR assay for swine influenza virus nucleic acic2011-11-21发布
中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局中国国家标准化管理委员会
2012-03-01实施
本标准按照 GB/T 1.1
2009 给出的规则起草。
本标谁由中华人民和国农业部提出。本标准由全国动物防疫标准化技术委员会(SAC/TC181)归口。GB/T 27521—2011
本标起草单位:中国农业科学院哈尔缤兽医研究所,中国检验检疫科学研究院,中国兽医药品监察所。
本标准主要起草人:乔传玲、韩雪清、杨焕良、刘业兵、陈艳,昊绍强、陈化兰、林祥梅、辛晓光、朱中武、王慧煜、刘建、李建、梅琳、王伊琴、徐彪、玩周曦、宁宜宝、薄清如、秦智锋、林志雄。工
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1范围
猪流感病群核酸RT-PCR检测方法本标准规定了猪流感病毒核酸RT-PCR检测方法的技术要求。GB/T 27521—2011
本标准规定的RT-PCR检测方法适用于检测猪肺脏组织、鼻腔及气管分泌物和这些来集样品培养物中的猪流感病毒核酸。
2缩略语
下列缩略语适用于本文件。
DEPC:焦碳酸二乙酯(diethypyrocarbanate)dNTP+脱氧核苷酸三磷酸(deoxy-ribonucleosidetriphosphate)EB:濮化乙键(ethidium bromide)M-MLVRT:莫洛尼氏鼠白血病病毒反转录酶(moloneymurine leukemia virus reverse tran-scriptase)
PCR,聚合酶链式反应(polymerasechainreaction)RNA:核糖核酸(ribonucleicacid)RNAase inhibitor:RNA 酶抑制剂RT-PCR反转录-案合酶链式反应(reverse-trangcription polymerase chain rerction)SPF:无特定病原体(apeeificpathogenfree)Taq DNA polymerase: Taq DNA 案合酶3收器
3. 1 PCR仪。
3.2台式低温高速离心机。
3. 3电泳仪。
3.4 电泳槽。
3.5冰箱。
3.6胶成像系统。
3.7微量移液器。
3.8水浴锅。
4试剂
4.1LS TRIzolRNA提取试剂或其他商品化的RNA提取试剂。4.2氯仿、异丙醇、无水乙醇。
4.31.2为琼脂料凝胶,见附录A中A.1。4.450×TAE缓冲,见附录 A中 A.2。1
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GB/T 27521—-2011
4.5澳化乙锭(EB,10/μL)或核酸染料,见附录A中A.34.6焦碳酸二乙酯(DEPC)处理的灭菌双蒸水,见附录A中A,4。4.7DNA分子量标准(100bp)。
4.8M-MLV反转录酶。
4. 9RNA 酶抑制剂。
4.TOTagDNA案合酶。
4.11 dNTP.
4. 12 商品化的一步法 RT-PCR反应试剂。含有 RT-PCR 缓冲液,酶混合物,dNTP 混合物,无 RNA酶的水等,
5引物
5. 1反转录物见附录B中B.1。引物浓度为20 pmo1/μL。5.2PCR可物见附录B中B.2。物浓度均为20Pmol/μL。6样品对照
以灭活的猪流感病毒感染SPF鸡胚尿液或者感染动物的组织作为阳性对照,以正常SPF鸡胚尿囊获或者正常动物组织作为阴性对照。7操作步骤
7.1样品的采集及处理
7. 1. 1 采样工具
下列采样工具应经121℃土2℃,15min高压灭菌并烘干;a)棉拭子,
b)剪:
c)镊子:
d)1. 5 mL离心管,
c)研,
7. 1.2活满
取身拭子。采集方法如下:将棉拭子深入鼻腔旋转,取鼻腔分液;将来样后的拭子分别敬入盛有1. 0 mL PBS(见附录 A中 A. 5)的 1. 5 mL 离心管中,加盖,编号。7.1.3病死猪
取肺脏成气管分泌物等。采集方法如下:用无菌短子和剪刀采策肺脏等,装人一次性塑料發或其他灭菌容器,编号。
7.1.4样品远
样品采集后,放人密团的塑料内(一个采样点的样品放一个塑料袋),于保温箱中加冰,密封,21h内送实验室。
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7.1,5样品处理
7.1.5.1棉拭子处理方法
GB/T 27521—2011
样品在混合器上充分混合后,用商玉灭菌疑子特拭子中的液体挤出,弃去拭子,室蕴静置3心tin:4℃,30001/min离心15min,取上清获转人无菌的1.5mL离心管中,编号备用。7,1.5.2脏器处理方法
将所采组织病料置于洁净、灭菌并烘干的研磨器中,按质量体积比(1:1)加人样品保存液进行充分研磨;4℃,3000r/min商心15min,取上清液转人无菌的1.5mL离心管中,编号备用。7.2RNA的提取
7.2, 1用 LS TRIzol试剂提取待检样品、阳性对照及阴性对照样品的 RNA。7.2.2250 μL样品处理获和 750 μL LS TRIzol置入一个 1. 5 mL 离心管,振荡数次,静置 5 min。7.2.3加200μL氧仿,振荡混匀,室温放置5min,4℃12Q00r/min离心15min。7.2.4吸敢上层水相至一新离心管中,加入等盘异丙醇,混勾,室温放盘 15 min:4℃,12 000 1/min离心15 min,离心后在离心警边和底部可见有胶样RNA说淀(对于细胞毒而言,可能春不到沉淀)。弃上清。
7.2.5 小心吸弃上清,加人 500 μL 75%乙醇(DEPC水配置),小心颠倒以漂选沉淀及管壁,4 ℃、12000/min,离心5min。
7.2.6小心吸弃上清,沉淀置室温条件下于燥后,加适量DEPC水溶解。7.2.7提敢的RNA须在2h内进行RT-PCR扩增,若需长期保存,须放置一70冰箱保存。7.2.8也可采用商品化的基因组RNA提取试剂,按说明书进行操作。同时进行阴、性对服样品RNA的提取。
7.3RT-PCR
7. 3. 1一步法反应操作步睾(如实验室有商品化的一步法 RT-PCR 反应试剂采用此操作步骤)7. 3. 1. 1 在 0. 2 mL, 反应算中依次加人:步法RT-PCR缓冲液
dNTP(10 mmol/L)
酶混合物
RNA酶抑制剂
上游引物
下游引物
RNA模板
DEPC水
10 μL下载标准就来标准下载网
2, 0 μL
0, 5 mL
29. 5 μL
上述体系根据扩增目的片段不同,分别选择相应的 M、H1HA、甲 H1HA、H3HA、N1NA及 N2VA单个基因的上/下游引物进行反应。7.3.1.2采用 PCR仪立即进行RT-PCR扩增:检谢同时设立阴阳性对照。7. 3. 1. 3RT-PCR 反应条件为:48 C 45 min:94 2 min*然后 94 30 s,50 C 1 min,68 2 min共40个循环;最后68它延伸7min,7.3.2两步法反应操作步象(如实验室没有商品化的一步法RT-PCR反应试剂采用此操作步骤)7.3.2. 1RT取 5 μL RNA,加1 μL反转录引物(Umi12),70它水浴5mina
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GB/T 27521—2011
7.3.2.2冰浴2min,继续人:
5 X反转录反应缓冲液
0.1 mol/L DTT
2.5 mnol/L dNTPs
M-MLV反转录酶
RNA 酶抑制剂
DEPC水
7.3.2.337C水浴1h,合成cDNA。取出直接进行PCR或置一20C保存。7.3.2.4根据扩增目的片段不同,选择相应的上/下游引物进行扩增。PCR体系包括:
双蒸灭菌水
反转录产物
上游引物
下游引物
10XPCR Buffet
2, 5 mmol/L dNIPs
Taa酶
首先加人双蒸灭菌水,然后再按照顺序逐加人上述成分,每一次要加人到被面下。全部加完后,混与+解时离心,使液体都沉降到PCR誉底。7.3.2.5PCR反应条件为:95℃预变性5min;94C变性45s,50退火45s,72C延伸45s,循环30次,72℃延伸6min。
8扩增产的电求检测
制备1.2%琼脂糖疑胶板,见附录 A中 A.1。在电泳槽中加人1×TAE电泳缓冲液便液面测刚没过避胶。取3 μL~5 L扩增产物分别和适盘加样缓冲液混合后,加到凝胶孔。加人分子量标推。恒压(110V)下电泳30min~40min,将电泳好的凝胶放到凝胶成像系统上观察结果。9试验成立的条件
阻性对照的扩增产物经电球检测,在预期大小的条带危實均出现特异生条带,阴性对照的持增产物经电泳检测均没有预期大小的目的条带。阴、阳性对照同时成立则表明试验有效,否则试验无效。10结果判定
10.1阳性判定
应用引物M-684U/M-684L,H1-668U/H1-668L,甲-428U/甲-428L,H3-668U/H3-668L、N1-615U/N1-615L、N2-246U/N2-246L,按照各基因检测体系对样品进行检测,扩增产物如果在684 bp.668 bp、428 bp、668 bp、615 bp、246 bp位置出现特异性条带,则判定为猪流感病毒或相应亚型病毒核酸阳性。
10.2阴性判定
如果在所用引物预期扩增片段的位置均未出现特异性条带,则判定为猪流感病毒核酸阴性。4
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A.11.2%琼脂糖凝胶
琼脂糖
1XTAE电泳缓冲液
附录A
(规范性附录)
相关试剂的配制
加至 100 mL
GB/T 27521—2011
放人 100 mL TAE电泳缓冲液(1X)中,加热融化。温度降至 60 C左右时,加入 5 μL核酸染料,均匀铺板,厚度为3mm~5mm。
A.250×TAE电泳缓冲液
A.2.10.5moL/L艺二铵四乙酸二钠(EDTA)溶液(pH8.0)二水乙二镂四乙酸二钠
灭菌双蒸水
氢氧化钠
灭菌双蒸水
TAE电泳缓冲液(50X)
羟基甲基氨基甲烷(Tris)
冰乙酸
0.5 mal/L乙二铵四乙酸二钠溶液(H8.0)灭菌双蒸水
陪时用灭菌双蒸水释使用。
A.3遵化乙锭(EB)溶液
漠化乙锭
灭菌双蒸水
A, 4 DEPC 水
灭菌双蒸水
焦碳酸二乙酯(DEPC)
调 pH至8. 0
加至 100 mL
100 mL
加至 1 000 mL
地至 20 mL
50 μL
室温过夜,121 C高压灭菌 15 min,分装到 1. 5 mL DEPC处理过的商心管。4.5PBS螺冲液
A, 5. 1A液
0. 2 mo1/L磷酸二氢钠水溶液。GB/T275212011
NaH,P0,H,0 27. 6 g溶于灭菌双蒸水中,定容至 1 000 mLA 5. 2 B液
0.2 tmpl/L磷酸二氢钠水溶液。NazHFO, - 7Hz0 53. 6 g(或 Naz HPO, - 12HzO0 71. 6 g或 Na HPO, - 2H,0 35. 6 g),溶于灭菌双蒸水中,定容至 1 000 mL。
A, 5. 30. 01 血o1/L、pH7.2磷酸盐經冲液的配制0. 2 mol/L A铵
0. 2 mol/L B液
加灭菌双水定容至1000mL
B.1 反转录引物
Uni 12.5'-AGCAAAAGCAGG-3'
B.2 PCR 引
引物名称
M-684U
M-684L
H1-668U
H1-6681
甲-428
甲-428L
H3-668U
H3-6681
N1-615U
N1-615L
N2-246U
N2-246L
耐录B
(规范性附录)
引物序列(5°~3')
长度(bp)
CAAGACCAATCCTGTCACCTC
AAGACGATCAAGAATCCACAA
AGCAAAAGCAGGGGAAAATAA
TGCATTCTGGTAGAGACTTTG
CAGCAAATCCTACAGGAATG
GAGATGTTCCAAGTCTGATC
TGTTACCCTTATGATGTGCC
CCCTGTTGCCAATTTCAGAG
TTGCTTGGTCRGCAAGTGC
YCWGTCCAYCCATTWGGATCC
CAGTAGTAATGACTGATGG
CCTGAGCACACATAACTGGA
GB/T 27521—2011
扩增目的片段
猪流感病毒 M 基因
猪流脑病毒 H1 亚型 HA 基因
猪甲型 H1N1 流感病毒 HA 基医猪流感病毒 H3 亚型 HA 基因
猪流感病毒 N1 亚型 NA 基因
猪流感病毒 N2 亚型 NA 基因
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