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SN/T 5130-2019

基本信息

标准号: SN/T 5130-2019

中文名称:疣粒稻鉴定方法

标准类别:商检行业标准(SN)

标准状态:现行

出版语种:简体中文

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标准简介

标准号:SN/T 5130-2019 标准名称:疣粒稻鉴定方法 英文名称:Identification of Oryza granulata Nees et Arn. ex Hook. f. 标准格式:PDF 发布时间:2019-09-03 实施时间:2020-03-01 标准大小:6678K 标准介绍:范围 本标准规定了疣粒稻种质资源的检验鉴定方法。 本标准适用于疣粒稻和其遗传材料的检测鉴定。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本 文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件 GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法 GB/T14072林木种质资源保存原则与方法 SN/T1193基因检验实验室技术要求 3术语、定义和缩略语 3.1术语和定义 下列术语和定义适用于本文件 小穗 spikelet 小穗是一个穗状花序,含1至多数小花,花生于颖状苞片内,成熟后又称谷粒。小花花被退化为鳞 片状、刚毛状、鳞被状。小穗再排成櫶状、指状、总状或圆锥状花序。 又称谷壳,麸糠。小穗的一部分,由排列整齐、具有孔头状突起的表皮细胞,又分为:内稃,外稃

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标准内容

ICS62.020.01
中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T5130—2019Www.bzxZ.net
疣粒稻鉴定方法
Identification of Oryza granulata Nees et Arn. ex Hook.f.行业标准信息服务平台
2019-09-03发布
中华人民共和国海关总署
2020-03-01实施
本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。本标准由中华人民共和国海关总署提出并归口,SN/T5130—2019
本标准起草单位:中国检验检疫科学研究院,中华人民共和国合肥海关,中华人民共和国重庆海关本标准主要起草人:宋云、徐哈、宗凯、许瑾、孙涛、陈乃中。行业标准信息服务平台
1范围
疣粒稻鉴定方法
本标准规定了疣粒霜种质资源的检验鉴定方法。本标准适用于疣粒稻和其遗传材料的检测鉴定。规范性引用文件
SN/T5130—2019
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB/T14072林木种质资源保存原则与方法SN/T1193基因检验实验室技术要求术语、定义和缩略语
3.1术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。3.1.1
小穗spikelet
小穗是一个穗状花序,含至多数小花,花生于颖状苞片内,成熟后又称谷粒。小花花被退化为鳞片状、刚毛状、鳞被状。小穗再排成穗代、指状总状或圆锥状花序。3.1.2
又称谷壳,麸糠。小穗的一部分,由排列整齐、具有孔头状起的表皮细胞,又分为:内,外荐,3.1.3
叶舌ligule
叶片与叶鞘交界处内侧的膜状突起。禾本科植物水稻等具有叶舌。可使叶向外倾斜伸出,有利于接受阳光,同时由于它的生长部位,能防止昆虫、病菌、雨水等进人叶鞘筒内。舌是叶鞘的延长,其大小、形状和毛茸的有无,可作分类依据之一。禾本科的叶舌,常见的有撕裂状叶舌、二深裂叶舌、短叶舌、具睫毛叶舌和长叶舌等。3.1.4
磷酸丙糖异构酶TriosephosphateisomeraseTPI磷酸丙糖异构酶是糖酵解过程中催化二羟丙酮磷酸与3-磷酸甘油醛之间可逆反应的一种异构酶其催化功能高度保守:其基因分子结构在生物的长期进化中未发生大的改变,在水稻中是单拷贝、直系同源基因,可作为生物遗传分化和分子进化研究中的重要指标。3.2缩略语
下列缩略语适用于本文件。
SN/T5130—2019
CTAB:cetyltrithylammoniumbromide,十六烷基三甲基漠化铵PcR:polymerasechainreaction,聚合酶链式反应。DNA:deoxyribonuleicacid,脱氧核糖核酸dNTP:deoxyribonucleosidetriphosphate,脱氧核苷酸三磷酸。Taq酶:栖热水生菌DNA聚合酶。4疣粒稻基本信息
学名:Oryza granulata Nees et Arn.exHook.f.分类地位:植物界(Plantae),被子植物门(Angiospermae),单子叶植物纲(Monocotyledoneae),禾本科(Gramineae),稻属(Oryza)。稻属内有20余种(参见附录A)。5方法原理
疣粒稽可能以植株、谷粒、核酸等形式出入境。对于植株、谷粒样品,可通过显微镜观察疑似物种的植株、小穗、外荐,根据形态特征(见附录A、附录B)进行初步鉴定;对手核酸等无形态特征的样品,根据疣粒稻的TPI基因序列特异位点设计引物开展PCR检测,进行准确鉴定。仪器设备和试剂
6.1仪器和设备
液氮罐、纯水机、电子天平、木浴锅、高压灭菌器、高温干燥箱、离心机、电泳仪、PCR仪、电泳槽、显微镜、扫描电镜、凝胶成像系统、高通量码磨机、涡旋震荡器、可调移液器(1000μL,200uL,100uL,20μL,10μ,2.5μL)、可调移液器检头离心管。你准
6.2试剂
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PCR反应常用试剂、电泳试剂和核酸分子量标准等,均为分析纯或生化纯(另有规定的除外),水按照GB/T6682规定的执行。
鉴定方法
7.1形态鉴定
7.1.1稻属植株形态特征
一年生或多年生草本。秆直立,丛生。7.1.1.1叶
叶鞘无毛;叶舌长膜质或具叶耳;叶片线形扁平,宽大。7.1.1.2花
顶生圆锥花序蔬松开展,常下垂。2
7.1.1.3小穗
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小穗含一两性小花·其下附有2枚退化外,两侧甚压扁;颖退化,仅在小穗柄顶端呈二半月形之痕迹;孕性外秤硬纸质,具小疣点或细毛,有5脉,顶端有长芒或尖头;内荐与外同质,有3脉,侧脉接近边缘而为外之2边脉所紧握;鳞被2;雄蕊6枚:柱头2,吊刷状,自小穗两侧伸出。7.1.2疣粒形态特征(参见附录A和附录B)多年生草本。有时具短根状茎。秆高30一70厘米,压扁,具5一9节。7.1.2.1叶
叶鞘无毛,长5一8厘米,短于其节间;叶舌长1一2毫米,无毛,具明显叶耳;叶片线状披针形,长5一20厘米,宽6一20毫米,上面沿脉有锯齿状粗糙,下面平滑,干时内卷,顶端尖,基部圆形。7.1.2.2花
圆锥花序简单,直立,长3一12厘米,分枝2一5枚,上升,疏生小穗,棱粗糙7.1.2.3小穗
小穗长圆形,长约6毫米,约为宽的3倍,浅绿色或灰色;颖退化仅留痕迹;内、外表面具钩状乳突且周围具疣粒。
7.2分子生物学鉴定
7.2.1DNA提取
按CTAB法提取DNA(详见附录C)。业
7.2.2PCR检测
准信息
对样品提取的DNA进行PCR检测(详易附录D)。防污染措施应符合SN/T1193的规定。结果判定
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符合7.1.1和7.1.2内与样品物态对应的相关描述可初步判定为统粒程,样品经符合附录D描述的PCR检测为阳性,可判定为疣粒稽。9样品保存与复核
9.1样品保存
物种资源的样品保存方法见GB/T14072的规定。9.2结果记录与资料保存
完整的实验记录包括:样品的名称与编号、来源、种类、时间,实验的时间、地点、方法和结果等,并要有经手人和实验人员的签字。检测需有最终的实验数据、电泳结果照片等。原始数据应归档,妥善保管,以备复验、谈判和仲裁。
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9.3复核
由中华人民共和国海关总署指定的单位或人员负责。主要考察实验记录、照片等资料的完整性和真实性,必要时进行复核实验。行业标准信息服务平台
la.小穗短于2mm,茎节具毛
1b.小穗长长于2mm,茎节通常无毛附录A
(资料性附录)
稻属主要植物分种检索表
2a.外无芒,内、外表面具疣粒或钩状乳突2b.外释具芒或小尖头,无疣粒或钩状乳突3a.内、外表面具钩状乳突
3b.内、外表面具钩状乳突且周围具疣粒4a.不孕外程针状或刚毛状
4b.不孕外线形或线状披针形
5a.一年生,植株矮小.小穗窄于1.6mm5b.多年生,植株高大,小穗宽于1.8mm6a.小穗7.6一12.7mm长,不孕外是小穗长度的0.3一0.8倍6b.小穗7-8.2mm长,不孕外是小穗长度的0.8-1.3倍7a.小穗具弯型的小穗轴,小穗与枝梗连接处斜形,外与芒之间具关节SN/T 5130—2019
短粒野稻O.schlechteri
新喀里多野稻O.neocaledonic
疣粒野稻O.granulata
短花药野稻O.brachyantha
马来野稻O.ridley
长颖野稻O.longiglumis
7b.小穗具直型的小穗轴,小穗与枝梗连接处平形,外程与芒之间不具关节.8a.基部叶的叶舌通常短于10mm,先端圆形或截平,花序很少具有二次分枝8b.基部叶的叶舌通常长于10mm,先端尖形或二裂,花序通常具有二次分枝9a.栽培种,小穗于成熟时宿存,通常无芒9b.野生种,小穗成熟时脱落,通常具长芒·10a.一年生或二年生,花药通常在于2.5mm10b.多年生,花药通常长于3rim11a.栽培种,小穗于成熟时宿存,通常不11b.野生种,小穗于成熟时脱落,通常具长芒12a.小穗细长,宽度通常小于2mm,芒的基部较粗12b.小穗较宽,宽度通常大于2mm,芒的基部不粗13a.植株明显具有根茎
13b.植株通常不具根茎:
非洲栽培稻O.glaberrim
短舌野稻O.barthi
亚洲栽培稻O.sativa
·南方野稻O.meridionalis
年生野稻O.nivara
长雄蕊野稻O.longistaminata
14a.植株基部的茎易脆断,小穗6.6-11mm长花药占据小花内2/3一3/空间展颖格O.imaepatula
14b.植株具高位分藥,小穗4.5一10.6mm长,花药占据小花内的全部空间.普通野稻o.ufibogon15a.具根茎,花序轴从基部至顶端具刚毛或粗糙15b.有时具根茎,花序轴平滑或具纤毛16a.植株高大,叶片通常宽于2cm16b.植株相对较小,叶片窄于2cm17a.不孕外儿乎等长于可孕花之内外17b.不孕外远远短于可孕花之内外18a.叶片窄于5cm,小穗短于7mm18b.叶片宽于5cm,小穗长于7mm19a.花序的基部通常具2或更多(3一5)长度相近的分枝澳洲野稻O.aust/rensis
大颖野稻O.grandiglumis
阔叶野稻O.latifolia
…高杆野稻O.alta
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19b.花序的基部通常不具轮生的分枝,一般为1一2分枝20a.植株通常具短的根茎,芒短于2cm或无20b.植株丛生,芒通常长于2cm
21a.一年生,二倍体,植株较高,小穗相对较大21b.多年生,四倍体,植株较矮,小穗相对较小22a.植株具根茎,花序开展,小穗通常长于6mm22b.植株不具根茎,花序部分开展,小穗通常短于6mm23a.植株蔓生或散丛生,小穗通常短于5mm23b.植株丛生,小穗通常长于5mm24a.花序较大,小穗长圆形,表面毛较多.24b.花序较小,小穗扁圆形,表面毛较少22
药用野稻O.officinalis
斑点野稻O.punctata
非洲野稻O.schweinfurthiana
根茎野稻O.rhizomatis
小粒野稻O.minuta
紧穗野稻O.eichingeri
马蓝普野稻O.malampuzhaensis
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附录B
(资料性附录)
稻属主要种类的外乳突特征
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A:疣粒稻O.granulata;B:短花药野稻O.brachyantha;C:马来野稻O.ridley;D:斑点野稻O.puntata;E:紧穗野稻O.eichingeri;F:小粒野稻O.minuta业标准信息服务平台
注:图片来自《稽属植物微形态特征的比较分析》第17页SN/T5130—2019
C.1试剂
C.1.1CTAB缓冲液
附录C
(规范性附录)
DNA提取方法
20mmol/L的EDTA,100mmol/L的Tris-HCl(pH8.0),1.4mol/L的NaCl,0.1%β-筑基乙醇,2%CTAB。
C.1.2TE缓冲液(PH8.0)
10mmol/L的Tris-HCl(pH8.0),1mmol/L的EDTA。C.1.3
其他试剂
氯仿:异戊醇(24:1),异丙醇,70%乙醇。C.2提取步骤
C.2.1取0.1g粉样,加人300μLCTAB缓冲液,在高通量研磨机研磨至匀浆状,再加人300uLCTAB缓冲液,上下颠倒混匀转入1.5mL离心管中;65℃水浴1小时,置4℃冰箱中冷至15℃以下。C.2.2加入250μL氯仿:异戊醇(24:1),上下混勾5分钟,充分混匀,12000rpm室温离心10min,取上清300uL转至另一预先装有200μL异丙醇的离心管中,轻轻上下颠倒混匀,4℃放置30min,12000rpm,4℃离心10min,弃上清.标准信息服务平台
C.2.3沉淀用70%乙醇洗涤后,再次离心,倒乙醇,干燥DNA,加人100μLTE缓冲液溶解DNA,37℃水浴30min或室温1h。
引物合成
附录D
(规范性附录)
PCR检测方法
Primer15'-TCAGCCCACCTTATGTGTTC-3°Primer25'-TGTGCAGCAACAACATCCAT-3Primer35'-CAGTGGTGGAGCCAGAAATT-3Primer 45'-GCTTAATCAGGGGCAGAGGC-3SN/T5130—2019
以基因组DNA为模板,Primerl/Primer2为引物进行第一轮进行扩增,扩增产物稀释30倍后作为模板,以Primer3/Primer4为引物进行第二轮扩增.PCR产物大小为163bp,为疣粒野生稻特异性扩增引物。
PCR反应
本方法中,PCR反应的总体积为25uL,反应体系见表D.1。表D.1
超纯水
10XPCRbuffer
正向引物
反向引物
Taq酶
原浓度
5nmol/L
10pμmL
25ng/μL
25μL反应体系加样体积(μL)17.4
Primer1/Primer2反应条件为:94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃恶k30.72℃延伸1min,30个循环.72℃终延伸10min,4℃保存。Primer3/Primer4反应条件为:94℃预变性5min,94℃变性30s,60℃退火30s,72延伸30s,24个循环,72℃延伸10min。2%琼脂糖凝胶电泳检查结果。以疣粒稻叶片DNA为阳性对照,假稻叶片DNA为阴性对照,灭菌双蒸水为空白对照,D.3琼脂糖电泳
将TAE和电泳级琼脂糖按2%配好,加入SYBRGREEN核酸染料终浓度为0.5ug/mL,混匀,制胶。用适量的6×加样缓冲液分别与10uL样品混合,然后将其和适合的DNA分子量标准物分别加入到样品孔中,电泳。结束时将整个胶置于凝胶成像仪上观察。9
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D.4结果观察
通过成像观察,若在163bp处有相应大小的产物带出现,即可判定为阳性(检测样品为疣粒稻);若无任何扩增带出现,判定为阴性。检测时应做平行实验,两份平行测试样品的结果应该保持一致。如果一个测试样品的结果为阳性而另一个为阴性时,应重新进行检测。可通过增加PCR反应中DNA的模板量,使两份平行测试样品的结果一致。所检测目标片段出现扩增,且PCR产物经过确证,所有对照结果正常结果判定为阳性;所检测目标片段未出现扩增,所有对照结果正常,结果判定为阴性。行业标准信息服务平台
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