首页 > 商检行业标准(SN) > SN/T 4820-2017 牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC检测方法
SN/T 4820-2017

基本信息

标准号: SN/T 4820-2017

中文名称:牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC检测方法

标准类别:商检行业标准(SN)

标准状态:现行

出版语种:简体中文

下载格式:.zip .pdf

下载大小:5974541

相关标签: PCR 检测 方法

标准分类号

关联标准

出版信息

相关单位信息

标准简介

SN/T 4820-2017.Detection method for bovine citrullinemia by PCR-DHPLC.
1范围
SN/T 4820规定了牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC的检测方法。
SN/T 4820适用了快速筛查牛群中隐性的牛瓜氨酸血症(参见附录A)基因携带者。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用 文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T6682-2008分析实验室用水规格和试验方法
3缩略语
下列缩略语适用于本文件。
CN牛瓜氨酸血症(Citrullinemia
PCR聚 合酶链式反应( Polymerase chain reaction)
DHPLC变性高效液相色谱( Denaturing high- performance liquid chromatography)
PBS磷 酸盐缓冲液( Phosphate bufifer solution)
TEAA三 乙基铵醋酸盐(Triethylamine acetate
SNP单核 苷酸多态性(Single nucleotidepolymorphism)
4原理
变性高效液相色谱(DHPLC)是利用目标核酸片段PCR扩增产物,部分加热变性后,含有突变碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异源双链。因包含错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同源配对区和固定相的亲和力弱。更易被从分离桂上洗脱下来,从而达到分离的目的。
SNP的有无最终表现为色谱峰的峰形或数目差异,依据此原理可很容易从色谱图中判断出突变的碱基片段。

标准图片预览






标准内容

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T4820—2017
牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC检测方法Detection method for bovine citrullinemia by PCR-DHPLC2017-07-21发布
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2018-03-01实施
本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位:中华人民共和国广东出人境检验检疫局。SN/T4820—2017
本标准主要起草人:吴晓薇、朱道中、刘志玲、刘中勇、李贺、马保华、段燕瑜、林志雄1
1范围
牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC检测方法本标准规定了牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC的检测方法本标准适用了快速筛查牛群中隐性的牛瓜氨酸血症(参见附录A)基因携带者。2规范性引用文件
SN/T4820—2017
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T6682—2008分析实验室用水规格和试验方法3缩略语
下列缩略语适用于本文件。
CN牛瓜氨酸血症(Citrullinemia)PCR聚合酶链式反应(Polymerasechainreaction)DHPLC变性高效液相色谱(Denaturing high-performance liquid chromatography)PBS磷酸盐缓冲液(Phosphatebuffer solution)TEAA三乙基铵醋酸盐(Triethylaminetetate
SNP单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphisn4原理
变性高效液相色谱(DHPLC)是利用目标核酸片段PCR扩增产物,部分加热变性后,含有突变碱基的DNA序列由于错配碱基与正常碱基不能配对而形成异源双链。因包合错配碱基的杂合异源双链区比完全配对的同源配对区和固定相的亲和力弱,更易被从分离柱上洗脱下来,从而达到分离的目的。SNP的有无最终表现为色谱峰的峰形或数目差异,依据此原理可很容易从色谱图中判断出突变的碱基片段。
5仪器设备和试剂耗材
5.1仪器设备
变性高效液相色谱分析仪。
核酸扩增仪。
Ⅱ级生物安全柜。
恒温水浴锅。
高速台式离心机(转速可以达到12000r/min)。微量可调移液器(10μL、100μL、200μL、1000μL)。1
SN/T4820—2017
灭菌配套吸头10100200μ1000μL肝素钠抗凝管、Eppendorf管、微量移液器、八联管、移液器、离心管等。5.2试剂与耗材
试剂级别:本方法试验用水应符合GB/T6682一2008规定的二级水,所用化学试剂均为分析纯5.2.1
2DEPC水:按照附录B中B.1制备,推荐使用商品化DEPC处理的无DNA酶和RNA酶的水。5.2.2
5.2.30.01mol/LPBS(pH7.6).配方见B.2。5.2.4DHPLC缓冲液,配方B.3。
575%乙醇,配方见B.4。
dNTPdATP、dTTP、dCTP和dGTP
pfu聚合酶。
5.2.8酚/氯仿/异戊醇混合液
10%SDS:配制方法见B.7。
引物与探针序列
上游引物(CN-F)5-GTGTTCATTGAGGACATC-3下游引物(CN-R)5-CCGTGAGACACATACTTG-3”采用无DNA酶、无RNA酶水将每条引物配制成100umol/L储存液,置一20℃保存使用时取适量配制成10μmol/L工作液,避免多次冻融。PCR扩增的片段卡度大约为176bp(参见附录C)。7样品采集、保存及运输
采集牛的抗凝血,冷藏储存与运输。8DNA提取
8.1将血液样品200μL.加人2mL塑料离心管中,加20μL蛋白酶K,再加10%SDS20μL,混匀8.2混合液置于55℃水浴2.5h。
8.3向匀浆液中按1:1比例加酚/三氯甲烷/异戊醇混合液(25:24:1),轻轻震荡5min后12000r/min离心5min。
8.4吸上层水相400L于一灭菌塑料离心管中,再次加人等体积酚/三氯甲烷/异戊醇混合液,轻轻震荡混匀5min,12000r/min离心5min。8.5吸上层水相500L于一塑料离心管中,加人两倍体积的无水乙醇,一20℃放置2h12000r/min离心5min倾去上清液。
8.6向DNA沉淀中加人75%乙醇溶液500μL,轻轻混匀后12000r/min离心5min,倾去上清液,室温凉干。
8.7向DNA沉淀中加100uLTE缓冲液,溶解沉淀一20℃保存备用。注:DNA提取也可以采用等效组织DNA提取试剂盒,按照说明书进行。9PCR扩增
采用50μL反应体系,分别取5μL基因组DNA作为模板,依次加人10×ReactionBuffer5μL,2
SN/T48202017www.bzxz.net
dNTP4μL,上下游引物各1μL,pfu聚合酶2.5μL,加无菌双蒸水至50μL。扩增循环条件:94℃变性3min,94℃变性30s,退火温度为57℃进行30s,72℃延伸30s,进行35个循环,72℃延伸10min,4℃保存。
10异源双链的形成
分别取纯合型、野生型的PCR产物各5μL以1:1的比例混匀,制备成杂合子模型。将制备好的杂合子模型置于PCR仪中在95℃变性5min,然后以1℃/min的速率缓慢降温到4℃,保存15min。制备的杂合子模型,在变性缓慢复性的过程中就会形成异源双链以及同源双链,如果不及时用于DHPLC分析,可先置于4℃保存。DHPLC分析
11.1将扩增的野生型的PCR产物序列,导人WAVENavigatorsoftware的DNA界面进行分析,对序列的描述为突变,填写和选择序列的突变类型、突变检测的方式。在DNA界面的method选项处设置温度64.5℃建立CN-DHPLC分析方法。11.2设置最佳流动相,其中A液为55.7%和B液为44.3%。取8μL变性缓慢复性后的PCR产物放置在DHPLC金属板的微孔直接用于结果的分析。设立对照
检测过程中应分别设CN野生型(C/C型)、CN杂合子(C/T型)作为分型对照。13结果及判定
13.1质控标准
阴性对照:无特异吸收峰出现:CN野生型(C/C型)阳性对照:单一峰形:CN杂合子(C/T型)阳性对照:有肩峰且比野生型多出1个~2个峰形;CN野生型(C/C型)和CN杂合子(C/T型)阳性对照不出现上述的色谱峰视为实验无效。13.2结果判定
当DHPLC分析色谱图中仅单一峰则判断为CN野生型(C/C型)阳性。当DHPLC分析的色谱图中,与野生型色谱图进行鉴别比较,出现峰个数和峰的对称性改变则判断为CN杂合子(C/T型)阳性。
当DHPLC分析的色谱图中,吸收峰值小于2mV时,建议对样品重做。重做结果的峰吸收值仍小于2mV则判为阴性,应重新采集样品进行检测。3
SN/T4820—2017
附录A
(资料性附录)
牛瓜氨酸血症概述
瓜氨酸血症(Citrullinemia,CN)又称精氨酸琥珀酸合成酶缺失症(Bovineargininosuccinatesynthetasedeficiency),该病最早于1986年在澳大利亚的荷斯坦牛群中发现。CN的遗传学基础是奶牛第11号染色体的编码精氨酸合成酶的ASS基因第5外显子的第86号氨基酸发生单碱基突变(C-→T),第86位氨基酸突变为终止密码子,从而其翻译产物精氨酸琥珀酸合成酶变成了截短了的85个氨基酸的短蛋白(正常为412个氨基酸)而失去活性。同时,ASS基因也丧失了Aval酶切位点。
瓜氨酸血症是使得荷斯坦奶牛尿循环发生代谢紊乱的一种常染色体单单基因隐性遗传缺陷病。病牛
体内由于缺乏尿素代谢过程中的关键酶精氨酸琥珀酸大量积蓄于组织及血液中,引起机体内尿代谢紊乱成酶,导致瓜氨酸不能转变为精氨酸琥珀酸而代谢紊乱的发生使体内代谢生成的瓜氨酸前体氨无法转变为尿素排出体外,从而使对机体有毒的氨大量积蓄于组织及血液中,引起机体发病。患牛的临床症状表现为:底物瓜氨酸在体液和组织中贮积,造成高氨血症、高瓜氨酸血症、低精氨酸血症,脑实质尤其是大脑皮质充血和水肿,神经元变性坏死以及脂肪肝等损害。由于母体可以排出胎儿代谢产生的氨,发病个体在胎儿期间或刚出生时表现正常,但出生后不久便表现出一系列临床症状,
如精神沉郁、步态紊乱、抽描、惊厥、失明虚脱等
CN野生型(C/C型):正常牛基因型S
CN杂合型(C/T型):CN基因携带者杂合子B.1DEPC处理的灭菌双蒸水配制
附录B
(资料性附录)
DHPLC所用试剂的配方
SN/T4820—2017
灭菌双蒸水100mL,加DEPC50μL,室温过夜,121℃高压15min,分装到1.5mL的无RNA酶的1.5mL离心管中
B.20.01mol/LPBS(pH7.6)
先配制A液、B液。
A液(o.2mol/LNaH,PO,溶液):称取一水合磷二氢钠(NaH,PO·H,O)27.6g或二水合磷酸二氢钠(NaH2PO2H,O)31.2g.溶于蒸馏水中,定容至1L。溶液):称取十二水合磷酸氢二钠NazHPO·12H2O)71.6g,或二水B液(O.2mol/LNaHPO
合磷酸氢二钠(NazHPO·2Hz
20)35.6g溶于蒸馅水中,定容至1馏水解,量取13mLA液和87mLB液,混合,用蒸馏水定容至2L。称取17g氯化钠·用适量蒸
B.3DHPLC缓冲液
A液:50mLTEAA和250
OLZ晴
混合,加双蒸水定容至100
睛混合
.加双蒸水定容至100
B液:50mLTEAA和250mLZ
D液:750mL乙腈和250mL双蒸水混B.475%乙醇
量取无水酒精75mL,RNas
Free dH,O
B.510XTAE缓冲液
mL,混匀,室温保存。
用水溶解1oXTris-Acetate-EDTABuffer(TAE)的干粉试剂。Tris
冰乙酸
0.5mol/LEDTA
20mL或EDTA3.72g
加灭菌双蒸水或去离子水定容至1L。使用时,用蒸馏水稀释10倍即为1XTAE电泳缓冲液B.62%琼脂糖凝胶
称取琼脂糖2g,加人1×TAE缓冲液100mL,煮沸,等不烫手时,加人Goldview或其他核酸染料5μL,放置凝固备用。
SN/T4820—2017
B.710%SDS
称取100gSDS慢慢转移到约含0.9L水的烧杯中,用磁力搅拌器搅拌直至完全溶解。用水定容至1 L
附录c
(资料性附录)
牛瓜氨酸血症PCR-DHPLC方法扩增序列SN/T4820—2017
GTGTTCATTGAGGACATCAGCAAGGAGTTTGTGGAGGAGTTCATCTGGCCGGCCATCCAGTCCAGCGCACTGTACGAGGACC/TGATACCTCCTGGGCACCTCTCTCGCCAGGCCCTGCATCGCCCGCAAGCAGGTGGAGATCGCCCAGCGAGAAGGAGCCAAGTATGTGTCTCACGG阴影部分为引物序列
小提示:此标准内容仅展示完整标准里的部分截取内容,若需要完整标准请到上方自行免费下载完整标准文档。