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SN/T 4179-2015

基本信息

标准号: SN/T 4179-2015

中文名称:水仙退化病毒检疫鉴定方法

标准类别:商检行业标准(SN)

标准状态:现行

出版语种:简体中文

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相关标签: 水仙 退化 病毒 检疫 鉴定 方法

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标准简介

SN/T 4179-2015.Detection and identification of Narcissus degeneration virus.
1范围
SN/T 4179规定了水仙退化病毒血清学、分子生物学检疫鉴定方法。
SN/T 4179适用于石蒜科等寄主植物中水仙退化病毒的检疫鉴定。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样
3水仙退化病毒基本信息
中文名称:水仙退化病毒
学名:Narcissus degeneration virus
缩写:NDV
属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae),马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。
传播途径:种球传播、机械传播。
NDV的其他信息参见附录A。
4方法原理
水仙退化病毒的血清学、分子生物学特性是制定本检疫鉴定方法的主要依据。
5仪器设备及用具
电子天平(1/100g)、高速冷冻离心机、PCR仪、电泳仪、水平电泳槽、凝胶成像分析系统、pH计、各种量程的可调移液器(1000μL、200μL、100μL、20μL、10μL、2μL)、PCR反应管、无RNase Eppen-dorf离心管(1.5mL)、研钵、微波炉、磁力搅拌器、恒温水浴锅、高压灭菌锅、低温冰箱和超低温冰箱等。

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标准内容

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T4179—2015
水仙退化病毒检疫鉴定方法
Detection and identification of Narcissus degeneration virus2015-02-09发布
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2015-09-01实施
本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。SN/T4179—2015
请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位:中华人民共和国厦门出人境检验检疫局、中华人民共和国福建出入境检验检疫局。
本标准主要起草人:林石明、沈建国、廖富荣、方志鹏、吴媛、陈青、陈红运、黄蓬英1范围
水仙退化病毒检疫鉴定方法
本标准规定了水仙退化病毒血清学、分子生物学检疫鉴定方法。本标准适用于石蒜科等寄主植物中水仙退化病毒的检疫鉴定2规范性引用文件
SN/T4179—2015
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样3水仙退化病毒基本信息
中文名称:水仙退化病毒
学名:Narcissusdegenerationvirus缩写:NDV
属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae),马铃薯Y病毒属(Potyirus)成员传播途径:种球传播、机械传播。NDV的其他信息参见附录A。
4方法原理
水仙退化病毒的血清学、分子生物学特性是制定本检疫鉴定方法的主要依据5
仪器设备及用具
电子天平(1/1000g)、高速冷冻离心机、PCR仪、电泳仪、水平电泳槽、凝胶成像分析系统、pH计、各种量程的可调移液器(1000μL、200μL、100μL、20μL、10μL、2μL)、PCR反应管、无RNaseEppendorf离心管(1.5mL)、研钵、微波炉、磁力搅拌器、恒温水浴锅、高压灭菌锅、低温冰箱和超低温冰箱等。6检测与鉴定
6.1抽样检查
按照SN/T2122给出的方法进行抽样、取样。6.2捕获抗原酶联免疫吸附测试(PTA-ELISA)按附录B给出的方法进行PTA-ELISA检测。用已知病毒分离物作阳性对照,健康植物组织作阴性对照,样品提取缓冲液作空白对照。1
SN/T4179—2015
3RT-PCR检测
按附录C给出的方法进行RT-PCR检测。用已知病毒分离物作阳性对照,健康植物组织作阴性对照,并设置空白对照。
6.4序列测定与分析
将PCR产物回收后,进行克隆、测序,或者PCR产物直接测序(序列测定可由专业的生物公司完成)。把测定的核苷酸序列(或翻译后的氨基酸序列)与已知的NDV相应序列进行比对。注:序列比对可利用NCBI网站上的BLAST软件进行,网址为http://ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。7结果判定
当PTA-ELISA和RT-PCR检测结果均为阳性时,则判定为检出水仙退化病毒(NDV)。7.1
7.2当RT-PCR检测结果为阳性、测定的序列为NDV序列时,则判定为检出水仙退化病毒(NDV)。注:根据国际病毒分类委员会(ICTV)第9次分类报告中马铃薯Y病毒科病毒种类的分类标准,其中关于基因组序列的判定依据为:CP氨基酸序列一致性小于80%,或者CP基因或整个基因组的核苷酸序列一致性小于76%;并且聚合蛋白的剪切位点不相同。8结果记录
记录样品信息及各项检测数据,包括样品米源、种类,检测时间、地点、方法和结果等,以及检测人员签字。血清学检测结果保留吸光值的数据,分子生物学检测结果保留电泳照片及测序峰图等。9样品保存
阳性的样品应妥善保存在低温或超低温冰箱中,并做好登记和标识,以备复核。2
A.1寄主范围
附录A
(资料性附录)
水仙退化病毒基本信息
SN/T4179—2015
石蒜科(Amaryllidaceae)的中国水仙(Narcissustazettavar.chinensis)、红口水仙(N.poeticus)、喇水仙(N.pseudonarcissus)和石蒜(Lycorisradiata)等。A.2病害症状
在水仙上表现为叶片褪绿条纹、斑驳,花杂色、畸形,以及植株矮化等症状。A.3
分布地区bZxz.net
主要分布于英国、新西兰、中国等国家A.4传播途径
鳞茎种球等繁殖材料是远距离扩散的主要途径;自然条件下机械传播。A.5
粒体形态
病毒粒体为线条状,长750nm~770nm(参见图A.1)。病毒的粒体(标尺为200nm;Chen,etal.,2007)图A.1
SN/T4179—2015
病毒基因组
正义、单链RNA病毒,基因组全序列大小为9816个核苷酸(不包含polyA尾),具有马铃薯Y病毒属的典型基因组结构特征(参见图A.2)。AI
P1-Pro
HC-Pro
(+2 fs)
Helicase
ATPase
VPgProteaseReplicase
Membrane
anchor
A(n)3'OH
马铃薯Y病毒属基因组结构示意图(以烟草蚀纹病毒为例,King,etal.,2012)B.1试剂
间接样品提取缓冲液(pH9.6)
碳酸钠(Na2CO)
碳酸氢钠(NaHCO)
叠氮化钠(NaN,)
附录B
(规范性附录)
PTA-ELISA检测方法
聚乙烯吡略烷酮(PVP,MW24~40000)20.0g
加人蒸馏水900mL,用HCI调节pH到9.6,然后加蒸馏水至1L,4℃储存。磷酸盐缓冲液(PBS,pH7.4)
氯化钠(NaCI)
磷酸二氢钾(KH,PO.)
磷酸氢二钠(Na2HPO)
氯化钾(KCI)
叠氮化钠(NaN3)
加人900mL蒸馏水溶解,用NaOH或HCI调节pH到7.4,然后加水至1LB.1.3
PBST缓冲液(洗涤缓冲液)
每升PBS中加人0.5mL的吐温-20。抗体稀释缓冲液/酶标抗体稀释缓冲液B.1.4
三羟基氨甲烷盐酸盐(Tris-HCI)三羟甲基氨基甲烷(Tris)
氯化钠(NaCI)
吐温-20(Tween-20)
脱脂奶粉
加人蒸馏水定容至1L,4℃储存。B.1.5底物(pNPP)缓冲液(pH9.8)氯化镁(MgCl2)
叠氮化钠(NaNs)
二乙醇胺HN(CHCH,OH),
溶于800mL蒸馏水中,用HCl调pH至9.8,蒸馏水定容至1L,4℃储存。B.1.6抗体
病毒抗体:水仙退化病毒抗体。SN/T4179—2015
SN/T4179—2015
酶标抗体:碱性磷酸酶标记羊抗兔IgG。B.2程序
B.2.1样品制备
称取一定量的待测样品(种球取芽上的幼叶或取外部鳞片、植株取叶片,每株取约0.1g,10株混合成约0.5g~1.0g的样品),按1:10(质量体积比)比例加入包被缓冲液,用研钵研磨成浆,8000×g离心5min,上清液即为制备好的检测样品。阴性对照、阳性对照作相应的处理或按说明书进行B.2.2包被抗原
加人制备好的检测样品,同时设置阴性对照、阳性对照和空白对照。每个处理至少设2个重复。100μL/孔,37℃孵育1h或4℃冰箱孵育过夜,倒去酶联板孔中溶液,用PBST洗涤4次~6次。B.2.3加病毒抗体
将病毒抗体按说明稀释至工作浓度,加人到酶联板的孔中,100μL/孔,37℃孵育1h,倒去酶联板孔中溶液,用PBST洗涤4次~6次。B.2.4加酶标抗体
将酶标抗体按说明稀释至工作浓度,加入到酶联板的孔中,100uL/孔,37℃孵育1h,倒去酶联板孔中溶液,用PBST洗涤4次~6次
B.2.5加底物
人到底物缓冲液中使终浓度为1mg/mL(现配现用),将底物对硝基苯磷酸脂(pNPP)加100μL/孔,加入到酶联板中,室温避光孵育6吸光值的测定
室温下避光静置至阳性对照孔明显显色,B.3
结果判断
用酶标仪在405nm处读取吸光值。B.3.1对照孔的OD4os值(空白对照、阴性对照及阳性对照孔)质量控制应该满足以下条件:空白对照和阴性对照孔的OD4os值<0.15(如果阴性对照孔的OD45值<0.05时,按0.05计算);
阳性对照OD40s值与阴性对照OD5之比值>5;同一样品的重复性基本一致。
在满足了B.3.1质量要求后,结果原则上可判断如下:B.3.2
样品OD405值与阴性对照OD405之比值>2,判为阳性;样品OD405值与阴性对照OD405之比值接近阈值,判为可疑样品,需重新检测;样品OD405值与阴性对照OD405之比值<2,判为阴性B.3.3若满足不了B.3.1质量控制要求,需要重新检测,或用其他方法加以验证。6
C.1主要试剂
C.1.1RNA提取试剂
附录C
(规范性附录)
RT-PCR检测方法
TRIzol试剂、三氯甲烷、异丙醇、70%乙醇、焦碳酸C.1.2
2RT-PCR试剂
5×RT缓冲液、dNTP混合液(各10mmol/L)SN/T4179—2015
乙酯(DEPO)处理的双蒸水。
M-MuLV反转录酶(200U/uL)、RNA酶抑制剂(RNasin)、10×PCR缓冲液(含20mmol/L的Mg)、TaqDNA聚合酶(2.5U/μL)。C.1.310×TBE缓冲液(Tris-Borate-EDTA)Tris碱
加H2O溶解,定容至1L。
C.1.4电泳试剂
琼脂糖、0.5μg/μL的溴化乙锭溶液、10×TBE缓冲液。C.1.5引物序列与合成
根据已报道的NDV基因组序列设计一对用于特异性的引物(见表C.1),由生物公司合成。表C
引物名称
(5-3')
引物序列(
引物序列及其位置
基因名称
ACCGTTGGCATCACTAAG
ACTGGTTCCACGCTCCTA
核内含体蛋白b(largenuclearinclusionproteins,NIb)。为GenBank的JQ395041序列相对位置。总RNA的提取
7992-8009
8614-8597
片段大小
取约0.1g样品组织置于研钵中,加人1mLPBST缓冲液研磨,4℃,10000×g离心5min,取上清并将上清液迅速转移至灭菌的1.5mL离心管中,并加人1mLTRIzol试剂,剧烈振荡后,室温静置5min;4℃,12000×g离心10min,取上清;加人三氯甲烷300μL,剧烈振荡15s,室温静置5min,4℃,12000×g离心15min,取上层水相;加人等体积的异丙醇,颠倒混匀后室温下静置15min,4℃,12000×g离心10min,弃上清;加人1mL75%的乙醇洗涤沉淀2次,每次4℃,7500×g离心3min,7
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