SN/T 4180-2015
基本信息
标准号： SN/T 4180-2015
中文名称：线虫传多面体病毒属病毒RT-PCR筛查方法
标准类别：商检行业标准(SN)
标准状态：现行
出版语种：简体中文
下载格式：.zip .pdf
标准分类号
关联标准
出版信息
相关单位信息
标准简介
SN/T 4180-2015.Screening protocols for Nepovirus by universal RT-PCR.
1范围
SN/T 4180规定了线虫传多面体病毒属病毒的通用RT-PCR检测鉴定方法。
SN/T 4180适用于寄主植物中线虫传多面体病毒的筛查检测。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
SN/T 2122进 出境植物及植物产品检疫抽样
3线虫传多面体病毒属基本信息
中文名称:线虫传多面体病毒属
学名:genus Nepovirus
属于小RNA病毒目(Picornavirales),伴生虹豆病毒科(Secoviridae),豇豆花叶病毒亚科(Como-virinae)。该病毒属包括南芥菜花叶病毒(Arabismosaicvirus,ArMV)、桃丛簇花叶病毒(Peach rosette mosaic virus ,PRMV)、烟草环斑病毒( Tobacco ringspot virus ,TRSV)、番茄黑环病毒( Tomato blackringvirus,TBRV)、番茄环斑病毒(Tomatoringspotvirus,ToRSV)等重要的检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信息参见附录A。
4方法原理
以线虫传多面体病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物,建立该病毒属的通用RT-PCR检测方法;并对PCR产物进行序列测定,通过序列分析对病毒种类进行快速鉴定。因此,线虫传多面体病毒属的分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。
1范围
SN/T 4180规定了线虫传多面体病毒属病毒的通用RT-PCR检测鉴定方法。
SN/T 4180适用于寄主植物中线虫传多面体病毒的筛查检测。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
SN/T 2122进 出境植物及植物产品检疫抽样
3线虫传多面体病毒属基本信息
中文名称:线虫传多面体病毒属
学名:genus Nepovirus
属于小RNA病毒目(Picornavirales),伴生虹豆病毒科(Secoviridae),豇豆花叶病毒亚科(Como-virinae)。该病毒属包括南芥菜花叶病毒(Arabismosaicvirus,ArMV)、桃丛簇花叶病毒(Peach rosette mosaic virus ,PRMV)、烟草环斑病毒( Tobacco ringspot virus ,TRSV)、番茄黑环病毒( Tomato blackringvirus,TBRV)、番茄环斑病毒(Tomatoringspotvirus,ToRSV)等重要的检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信息参见附录A。
4方法原理
以线虫传多面体病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物,建立该病毒属的通用RT-PCR检测方法;并对PCR产物进行序列测定,通过序列分析对病毒种类进行快速鉴定。因此,线虫传多面体病毒属的分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。
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标准内容
中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T4180—2015
线虫传多面体病毒属病毒
RT-PCR筛查方法
Screening protocols for Nepovirus by universal RT-PCR2015-02-09发布
电话40089821
百真快
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2015-09-01实施
本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。SN/T4180—2015
本标准起草单位：中华人民共和国厦门出人境检验检疫局、云南省烟草农业科学研究院、中华人民共和国北京出人境检验检疫局
本标准主要起草人：林石明、廖富荣、方敦煌、吴媛、方志鹏、陈青、陈红运、黄蓬英、邓丛良。SN/T4180—2015
本文件的发布机构提请注意，声明符合本文件时，可能涉及本标准第6.2条与ZL201110087903.4《一种豇豆花叶病毒亚科病毒通用RT-PCR检测用简并引物、检测方法及其应用》相关的专利的使用本文件的发布机构对于该专利的真实性、有效性和范围无任何立场。该专利持有人已向本文件的发布机构保证，其愿意同任何申请人在合理且无歧视的条款和条件下，就专利授权许可进行谈判。该专利持有人的声明已在本文件的发布机构备案。相关信息可通过以下联系方式获得：
专利发明人：廖富荣、黄蓬英、林石明专利权人：厦门出人境检验检疫局检验检疫技术中心地址：福建省厦门市海沧区建港路客2165号
邮编：361026
联系电话：0592-3269916
邮箱地址：lfro05163.com
请注意除上述专利外，本文件的某些内容仍可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。
1范围
线虫传多面体病毒属病毒
RT-PCR筛查方法
本标准规定了线虫传多面体病毒属病毒的通用RT-PCR检测鉴定方法。本标准适用于寄主植物中线虫传多面体病毒的筛查检测2规范性引用文件
SN/T4180—2015
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样3线虫传多面体病毒属基本信息
中文名称：线虫传多面体病毒属学名：genus Nepovirus
属于小RNA病毒目（Picorne
avirale
，伴生豇豆病毒科（Secoviridae），豇豆花叶病毒亚科（Comovirinae）。该病毒属包括南芥菜不花叶病毒（Arabis mosaic2
virus，ArMV）、桃丛簇花叶病毒（Peachrosettemosaicvirus，PRMV）、烟草环斑病毒（Tobaecoringspotuirus，TRSV）、番茄黑环病毒（Tomatoblackringvirus，TBRY）、番茄环斑病毒（Tomatoringspotuirus，ToRSV）等重要的检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信息参见附录A4方法原理
以线虫传多面体病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物，建立该病毒属的通用RT-PCR检测方法；并对PCR产物进行序列测定，通过序列分析对病毒种类进行快速鉴定。因此，线虫传多面体病毒属的分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。仪器设备与试剂
5.1主要仪器设备与用具
主要使用以下仪器设备：研磨仪、微量天平（感量：0.001g）、PCR仪、电泳仪、水平电泳槽、凝胶成像仪、高速冷冻台式离心机、水浴槽或恒温孵育器、pH计、各种量程的可调移液器（1000μL、200μL、100μL、20μ、10μL、2μL)等。5.2主要试剂
主要试剂见附录B。
SN/T4180—2015
6检测和鉴定
6.1抽样检查
按照SN/T2122给出的方法进行抽样、取样。6.2
通用RT-PCR检测方法
按附录B给出的方法，进行通用RT-PCR检测。用已知病毒分离物作阳性对照，健康植物组织作阴性对照，并设置空白对照。
6.3序列测定和分析
将PCR产物回收后，进行克隆、测序，或者PCR产物直接测序（序列测定可由专业的生物公司完成）。把测定的核苷酸序列及翻译后的氨基酸序列与已知线虫传多面体病毒属的病毒序列进行比对。注：序列比对可利用NCBI网站上的BLAST软件进行，网址为http：//ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。7结果判定
如果通用RT-PCR方法检测结果为阴性，则判定未检出线虫传多面体病毒属病毒7.1
2如果通用RT-PCR方法检测结果为阳性，则进行序列测定与分析：7.2免费标准bzxz.net
如果翻译后氨基酸序列与线虫传多面体病毒属已知病毒序列同源性大于80%，则判定检出线a)
虫传多面体病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定）。如果翻译后氨基酸序列与线虫传多面体病毒属已知病毒序列同源性小于80%：b)
如果系统发育分析表明与线虫传多面体病毒属病毒聚为一群，则判定检出线虫传多面体病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定)；注：所检测到的病毒可能属于基因组序列尚未测定的已知病毒或尚未报道的新的病毒种类，如果系统发育分析表明与线虫传多面体病毒属病毒未聚为一群，则判定未检出线虫传多面体病毒属病毒。
8结果记录
记录样品信息和检测数据，包括样品来源、植物种类、取样时间与地点，检测时间、方法和结果以及人员签字。RT-PCR检测方法应保存电泳照片，测序结果保存测序报告图。9样品保存
检出线虫传多面体病毒属的样品应要善保存在超低温冰箱中，或冻十后低温保存，并做好登记和标识，以备复核。
分类地位
（资料性附录）
线虫传多面体病毒属基本信息
线虫传多面体病毒属（Nepovirus）所在的伴生豇豆病毒科的分类结构见表A.1。表A.1
亚科（Subfamily）
虹豆花叶病毒亚科
Comovirinae
豇豆花叶病毒亚科
Comovirinae
虹豆花叶病毒亚科
Comovirinae
“N/A为未归属成员。
属（Genus）
虹豆花叶病毒属
Comovirus
蚕豆病毒属
Fabavirus
伴生豇豆病毒科的分类结构
SN/T4180—2015
代表种（Typespecies）
虹豆花叶病毒
Cowpea mosaic virus(CPMV)
蚕豆姜蕉病毒2
Broadbeanwiltvirus2（BBWV2）线虫传多面体病毒属
Nepovirus
伴生病毒属
Sequivirus
矮化病毒属
Waikavirus
温州蜜柑矮缩病毒属
Sadwavirus
楼桃锉叶病毒属
Cheravirus
番茄灼烧病毒属
Torradouirus
Unassigned
Unassigned
Unassigned
豇豆花叶病毒亚科成员
烟草环斑病毒
Tobacco ringspotvirus(TRSV)
欧防风黄点病毒
Parsnip yellow fleck virus(PYFV)水稻东格鲁球状病毒
Ricetungrosphericalvirus(RTSV)温州蜜柑矮缩病毒
Satsuma dwarfvirus(SDV)
樱桃锉叶病毒
Cherry rasp leafvirus(CRLV)
番茄灼烧病毒
Tomato torradovirus(ToTV)
黑悬钩子坏死病毒
Blackraspberrynecrosisvirus(BRNV)草莓潜隐环斑病毒
Strawberrylatentringspotvirus(SLRSV)草莓斑驳病毒
Strawberry mottle virus(SMoV)线虫传多面体病毒属是该病毒亚科种最大的一个病毒属，含有34个病毒成员，分为3个亚组。以南芥菜花叶病毒（ArMV)为代表的亚组A含有1O种病毒，以番茄黑环病毒（TBRV)为代表的亚组B含有9种病毒，而以番茄环斑病毒(ToRSV)为代表的亚组C含有15种病毒（见表A.2)。3
SN/T4180—2015
亚组A(SubgruopA)
亚组B(SubgruopB)
亚组C(SubgruopC)
线虫传多面体病毒属的病毒成员中英文名称与缩写
南芥菜花叶病毒（Arabismosaicvirus，ArMV）滇芎A病毒（ArracachairusA，AVA)爱琴海菊芋环斑病毒（ArtichokeAegeanringspotvirus，AARSV）美洲木薯潜隐病毒（CassauaAmericanlatentvirus，CsALV）葡萄畸形病毒（Grapevinedeformationvirus，GDefV）葡萄扇叶病毒（Grapevinefanleafuirus.GFLV）橄榄潜隐环斑病毒（Oliuelatent ringspottvirus,OLRSV)
马铃薯黑环病毒（Potatoblackringr
悬钩子环斑病毒（Raspberryringspoterus，RpRSV)烟草环斑病毒（Tobaceoringspotuirus，TRSV）南芋潜病毒（Arichokeltalianlatentvirus，AILV)意大利菊
甜菜环斑病毒（Beet
ringspotvirus,BRSV)
可可坏死病毒（Coaoaneerosis uirus.CoNv）终三叶草潜隐病毒（Crimsoncloverlatenntvirus,CCLV)
铁坏外活化病在
aaeotta
virus,CNSV)
ewineAnatolianringspotvirus，GARSV)安纳托利亚葡萄环斑病毒（Grape葡萄铬黄花叶病毒（Grapeuinechrommosaic virus,GCMV)
病毒（Mulberryringspotlvirus，MRSV)
桑环斑养
番茄黑环病毒（Tomato
ring wirus
树潜环斑
virusALRS)
病毒（Apricotlatent
ringspo
黄环斑病毒（Ar
ichoke
potvirusAYRSV
ow rings
黑醋栗退化病毒（BL
ackcurrant
reversie
乌饭树叶斑驳病
（Blueber
ryleaf
木薯绿斑驳病毒（Cassava
nvirusBRV)
mottlevirus,BLMoV)
green mottle virus,CsGMV
樱桃卷叶病毒（Cherryleafrollvirus，CLRV）菊苣黄斑驳病毒（Chicoryyellowmottleuirus，ChYMV）葡萄保加利亚潜病毒（GrapevineBulgarianlatentvirus，GBLV）葡萄突尼斯环斑病毒（GrapevineTunisianringspotvirus，GTRSV）木槿潜隐环斑病毒（Hibiscuslatentringspotvirus，HLRSV）紫花首猎澳洲潜病毒（LucerneAustralianlatentvirus，LALV）樱桃李潜环斑病毒（MyrobalanLatentringspotvirus，MLRSV）桃丛簇花叶病毒（Peachrosettemosaicuirus，PRMV）马铃薯U病毒（PotatovirusU,PVU）番茄环斑病毒（Tomatoringspotuirus，ToRSV）A.3病毒粒体形态
SN/T4180-—2015
线虫传多面体病毒粒体无包膜、大小为28nm30nm、等轴对称二十面体的多面体病毒。基因组RNA-1和RNA-2分别被两个不同类型、大小相似的颗粒包裹（见图A.1)。外壳蛋白(CP)
B粒体
M粒体
图A.1线虫传多面体病毒的病毒粒体（引自http：//expasy.ch/viralzone/all_by_species/300.html.）A.4病毒的基因组结构与功能
二分体基因组为线状的ssRNA.RNA-1长7.2kb～8.4kb.RNA-2长3.9kb～7.2kb。病毒RNA的3端为Poly(A),5'端为VPg，RNA-1和RNA-2各产生一个多聚蛋白并经过一系列加工切割产生功能蛋白（见图A.2）。RNA-2加工成3个结构域，在葡萄扇叶病毒（GFLV)中P2A参与RNA-2的复制，P2B为含有典型“LPL”结构域的移动蛋白（MP）,P2C为含有两个保守结构域的外壳蛋白（CP）。RNA-1加工成5个结构域，P1A的功能还未知，P1B为含有序列结构域特征的结合NTP的解旋酶，P1C为VPgP1D为蛋白酶，P1E为含有序列结构域特征的RdRp。RNA-1和RNA-2中5'端和3端的NTRs序列同源，但亚组A不同。亚组BRNA-1和RNA-2中5'端序列同源，而3'-NTRs相一致。亚组C的两个NTRs相一致或接近
Nepovirus
SubgroupA（ArMV)
SubgroupB(TBRV)
Subgroup C (ToRSV)
一致，在ToRSV中含有部分聚合酶蛋白编码区，但在BRV中没有。MP
HelProPol
HelProPol
HelProlPol
图A.2线虫传多面体病毒属基因组结构特征A
SN/T4180—2015
主要试剂
RNA提取试剂
附录B
（规范性附录）
通用RT-PCR检测方法
TRIzolreagent、氯仿、异丙醇、70%乙醇、焦碳酸二乙酯（DEPC)处理的双蒸水，B.1.2
RT-PCR试剂
5XRT缓冲液、dNTP混合液（各10mmol/L）、M-MuLV反转录酶（200U/μL）、RNA酶抑制剂（40U/μL）、10XPCR缓冲液（含20mmol/L的Mg2+）、TaqDNA聚合酶（2.5U/μL）。B.1.3
10×TBE缓冲液（Tris-Borate-EDTA）Tris碱
Na,EDTA
加双蒸水溶解，定容到1L。
电泳试剂
琼脂糖、0.5μg/μL的溴化乙锭溶液、10×TBE缓冲液。B.2
引物序列与合成
设计的上下游简并引物均位于RNA-1上的RdRp基因区域，约450bp，额外加人测序引物或非互补序列后，扩增的片段长度约为500bp(见表B.1)。表B.1
线虫传多面体病毒属简并引物
引物名称
序列（5°-3'）-b
GAGCGGATAACAATTTCACACAGGTGTGAYTAYWVNVVNTTYGATGGCGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACYTTRTCHBTVCCATCVGTAATAATAAATCATAATGTGAYTAYWVNVVNTTYGATGGAATAAATCATAAYTTRTCHBTVCCATCVGTAAT位置
RdRp基因
RdRp基因
RdRp基因
RdRp基因
M=A/C,W=A/T,H=A/T/C,V=G/A/C,D=G/A/T,Y=C/T,K=G/T,S=G/C,B=G/T/C,N=A/GC/T,R=A/G
NepF5和NepR5下划线序列分别为引人的BCABESTTMSequencingPrimerRV-M和M13-47测序引物；NepF3和NepR3为额外引人的一段非互补序列。6
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线虫传多面体病毒属病毒
RT-PCR筛查方法
Screening protocols for Nepovirus by universal RT-PCR2015-02-09发布
电话40089821
百真快
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2015-09-01实施
本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。SN/T4180—2015
本标准起草单位：中华人民共和国厦门出人境检验检疫局、云南省烟草农业科学研究院、中华人民共和国北京出人境检验检疫局
本标准主要起草人：林石明、廖富荣、方敦煌、吴媛、方志鹏、陈青、陈红运、黄蓬英、邓丛良。SN/T4180—2015
本文件的发布机构提请注意，声明符合本文件时，可能涉及本标准第6.2条与ZL201110087903.4《一种豇豆花叶病毒亚科病毒通用RT-PCR检测用简并引物、检测方法及其应用》相关的专利的使用本文件的发布机构对于该专利的真实性、有效性和范围无任何立场。该专利持有人已向本文件的发布机构保证，其愿意同任何申请人在合理且无歧视的条款和条件下，就专利授权许可进行谈判。该专利持有人的声明已在本文件的发布机构备案。相关信息可通过以下联系方式获得：
专利发明人：廖富荣、黄蓬英、林石明专利权人：厦门出人境检验检疫局检验检疫技术中心地址：福建省厦门市海沧区建港路客2165号
邮编：361026
联系电话：0592-3269916
邮箱地址：lfro05163.com
请注意除上述专利外，本文件的某些内容仍可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。
1范围
线虫传多面体病毒属病毒
RT-PCR筛查方法
本标准规定了线虫传多面体病毒属病毒的通用RT-PCR检测鉴定方法。本标准适用于寄主植物中线虫传多面体病毒的筛查检测2规范性引用文件
SN/T4180—2015
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样3线虫传多面体病毒属基本信息
中文名称：线虫传多面体病毒属学名：genus Nepovirus
属于小RNA病毒目（Picorne
avirale
，伴生豇豆病毒科（Secoviridae），豇豆花叶病毒亚科（Comovirinae）。该病毒属包括南芥菜不花叶病毒（Arabis mosaic2
virus，ArMV）、桃丛簇花叶病毒（Peachrosettemosaicvirus，PRMV）、烟草环斑病毒（Tobaecoringspotuirus，TRSV）、番茄黑环病毒（Tomatoblackringvirus，TBRY）、番茄环斑病毒（Tomatoringspotuirus，ToRSV）等重要的检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信息参见附录A4方法原理
以线虫传多面体病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物，建立该病毒属的通用RT-PCR检测方法；并对PCR产物进行序列测定，通过序列分析对病毒种类进行快速鉴定。因此，线虫传多面体病毒属的分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。仪器设备与试剂
5.1主要仪器设备与用具
主要使用以下仪器设备：研磨仪、微量天平（感量：0.001g）、PCR仪、电泳仪、水平电泳槽、凝胶成像仪、高速冷冻台式离心机、水浴槽或恒温孵育器、pH计、各种量程的可调移液器（1000μL、200μL、100μL、20μ、10μL、2μL)等。5.2主要试剂
主要试剂见附录B。
SN/T4180—2015
6检测和鉴定
6.1抽样检查
按照SN/T2122给出的方法进行抽样、取样。6.2
通用RT-PCR检测方法
按附录B给出的方法，进行通用RT-PCR检测。用已知病毒分离物作阳性对照，健康植物组织作阴性对照，并设置空白对照。
6.3序列测定和分析
将PCR产物回收后，进行克隆、测序，或者PCR产物直接测序（序列测定可由专业的生物公司完成）。把测定的核苷酸序列及翻译后的氨基酸序列与已知线虫传多面体病毒属的病毒序列进行比对。注：序列比对可利用NCBI网站上的BLAST软件进行，网址为http：//ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。7结果判定
如果通用RT-PCR方法检测结果为阴性，则判定未检出线虫传多面体病毒属病毒7.1
2如果通用RT-PCR方法检测结果为阳性，则进行序列测定与分析：7.2免费标准bzxz.net
如果翻译后氨基酸序列与线虫传多面体病毒属已知病毒序列同源性大于80%，则判定检出线a)
虫传多面体病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定）。如果翻译后氨基酸序列与线虫传多面体病毒属已知病毒序列同源性小于80%：b)
如果系统发育分析表明与线虫传多面体病毒属病毒聚为一群，则判定检出线虫传多面体病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定)；注：所检测到的病毒可能属于基因组序列尚未测定的已知病毒或尚未报道的新的病毒种类，如果系统发育分析表明与线虫传多面体病毒属病毒未聚为一群，则判定未检出线虫传多面体病毒属病毒。
8结果记录
记录样品信息和检测数据，包括样品来源、植物种类、取样时间与地点，检测时间、方法和结果以及人员签字。RT-PCR检测方法应保存电泳照片，测序结果保存测序报告图。9样品保存
检出线虫传多面体病毒属的样品应要善保存在超低温冰箱中，或冻十后低温保存，并做好登记和标识，以备复核。
分类地位
（资料性附录）
线虫传多面体病毒属基本信息
线虫传多面体病毒属（Nepovirus）所在的伴生豇豆病毒科的分类结构见表A.1。表A.1
亚科（Subfamily）
虹豆花叶病毒亚科
Comovirinae
豇豆花叶病毒亚科
Comovirinae
虹豆花叶病毒亚科
Comovirinae
“N/A为未归属成员。
属（Genus）
虹豆花叶病毒属
Comovirus
蚕豆病毒属
Fabavirus
伴生豇豆病毒科的分类结构
SN/T4180—2015
代表种（Typespecies）
虹豆花叶病毒
Cowpea mosaic virus(CPMV)
蚕豆姜蕉病毒2
Broadbeanwiltvirus2（BBWV2）线虫传多面体病毒属
Nepovirus
伴生病毒属
Sequivirus
矮化病毒属
Waikavirus
温州蜜柑矮缩病毒属
Sadwavirus
楼桃锉叶病毒属
Cheravirus
番茄灼烧病毒属
Torradouirus
Unassigned
Unassigned
Unassigned
豇豆花叶病毒亚科成员
烟草环斑病毒
Tobacco ringspotvirus(TRSV)
欧防风黄点病毒
Parsnip yellow fleck virus(PYFV)水稻东格鲁球状病毒
Ricetungrosphericalvirus(RTSV)温州蜜柑矮缩病毒
Satsuma dwarfvirus(SDV)
樱桃锉叶病毒
Cherry rasp leafvirus(CRLV)
番茄灼烧病毒
Tomato torradovirus(ToTV)
黑悬钩子坏死病毒
Blackraspberrynecrosisvirus(BRNV)草莓潜隐环斑病毒
Strawberrylatentringspotvirus(SLRSV)草莓斑驳病毒
Strawberry mottle virus(SMoV)线虫传多面体病毒属是该病毒亚科种最大的一个病毒属，含有34个病毒成员，分为3个亚组。以南芥菜花叶病毒（ArMV)为代表的亚组A含有1O种病毒，以番茄黑环病毒（TBRV)为代表的亚组B含有9种病毒，而以番茄环斑病毒(ToRSV)为代表的亚组C含有15种病毒（见表A.2)。3
SN/T4180—2015
亚组A(SubgruopA)
亚组B(SubgruopB)
亚组C(SubgruopC)
线虫传多面体病毒属的病毒成员中英文名称与缩写
南芥菜花叶病毒（Arabismosaicvirus，ArMV）滇芎A病毒（ArracachairusA，AVA)爱琴海菊芋环斑病毒（ArtichokeAegeanringspotvirus，AARSV）美洲木薯潜隐病毒（CassauaAmericanlatentvirus，CsALV）葡萄畸形病毒（Grapevinedeformationvirus，GDefV）葡萄扇叶病毒（Grapevinefanleafuirus.GFLV）橄榄潜隐环斑病毒（Oliuelatent ringspottvirus,OLRSV)
马铃薯黑环病毒（Potatoblackringr
悬钩子环斑病毒（Raspberryringspoterus，RpRSV)烟草环斑病毒（Tobaceoringspotuirus，TRSV）南芋潜病毒（Arichokeltalianlatentvirus，AILV)意大利菊
甜菜环斑病毒（Beet
ringspotvirus,BRSV)
可可坏死病毒（Coaoaneerosis uirus.CoNv）终三叶草潜隐病毒（Crimsoncloverlatenntvirus,CCLV)
铁坏外活化病在
aaeotta
virus,CNSV)
ewineAnatolianringspotvirus，GARSV)安纳托利亚葡萄环斑病毒（Grape葡萄铬黄花叶病毒（Grapeuinechrommosaic virus,GCMV)
病毒（Mulberryringspotlvirus，MRSV)
桑环斑养
番茄黑环病毒（Tomato
ring wirus
树潜环斑
virusALRS)
病毒（Apricotlatent
ringspo
黄环斑病毒（Ar
ichoke
potvirusAYRSV
ow rings
黑醋栗退化病毒（BL
ackcurrant
reversie
乌饭树叶斑驳病
（Blueber
ryleaf
木薯绿斑驳病毒（Cassava
nvirusBRV)
mottlevirus,BLMoV)
green mottle virus,CsGMV
樱桃卷叶病毒（Cherryleafrollvirus，CLRV）菊苣黄斑驳病毒（Chicoryyellowmottleuirus，ChYMV）葡萄保加利亚潜病毒（GrapevineBulgarianlatentvirus，GBLV）葡萄突尼斯环斑病毒（GrapevineTunisianringspotvirus，GTRSV）木槿潜隐环斑病毒（Hibiscuslatentringspotvirus，HLRSV）紫花首猎澳洲潜病毒（LucerneAustralianlatentvirus，LALV）樱桃李潜环斑病毒（MyrobalanLatentringspotvirus，MLRSV）桃丛簇花叶病毒（Peachrosettemosaicuirus，PRMV）马铃薯U病毒（PotatovirusU,PVU）番茄环斑病毒（Tomatoringspotuirus，ToRSV）A.3病毒粒体形态
SN/T4180-—2015
线虫传多面体病毒粒体无包膜、大小为28nm30nm、等轴对称二十面体的多面体病毒。基因组RNA-1和RNA-2分别被两个不同类型、大小相似的颗粒包裹（见图A.1)。外壳蛋白(CP)
B粒体
M粒体
图A.1线虫传多面体病毒的病毒粒体（引自http：//expasy.ch/viralzone/all_by_species/300.html.）A.4病毒的基因组结构与功能
二分体基因组为线状的ssRNA.RNA-1长7.2kb～8.4kb.RNA-2长3.9kb～7.2kb。病毒RNA的3端为Poly(A),5'端为VPg，RNA-1和RNA-2各产生一个多聚蛋白并经过一系列加工切割产生功能蛋白（见图A.2）。RNA-2加工成3个结构域，在葡萄扇叶病毒（GFLV)中P2A参与RNA-2的复制，P2B为含有典型“LPL”结构域的移动蛋白（MP）,P2C为含有两个保守结构域的外壳蛋白（CP）。RNA-1加工成5个结构域，P1A的功能还未知，P1B为含有序列结构域特征的结合NTP的解旋酶，P1C为VPgP1D为蛋白酶，P1E为含有序列结构域特征的RdRp。RNA-1和RNA-2中5'端和3端的NTRs序列同源，但亚组A不同。亚组BRNA-1和RNA-2中5'端序列同源，而3'-NTRs相一致。亚组C的两个NTRs相一致或接近
Nepovirus
SubgroupA（ArMV)
SubgroupB(TBRV)
Subgroup C (ToRSV)
一致，在ToRSV中含有部分聚合酶蛋白编码区，但在BRV中没有。MP
HelProPol
HelProPol
HelProlPol
图A.2线虫传多面体病毒属基因组结构特征A
SN/T4180—2015
主要试剂
RNA提取试剂
附录B
（规范性附录）
通用RT-PCR检测方法
TRIzolreagent、氯仿、异丙醇、70%乙醇、焦碳酸二乙酯（DEPC)处理的双蒸水，B.1.2
RT-PCR试剂
5XRT缓冲液、dNTP混合液（各10mmol/L）、M-MuLV反转录酶（200U/μL）、RNA酶抑制剂（40U/μL）、10XPCR缓冲液（含20mmol/L的Mg2+）、TaqDNA聚合酶（2.5U/μL）。B.1.3
10×TBE缓冲液（Tris-Borate-EDTA）Tris碱
Na,EDTA
加双蒸水溶解，定容到1L。
电泳试剂
琼脂糖、0.5μg/μL的溴化乙锭溶液、10×TBE缓冲液。B.2
引物序列与合成
设计的上下游简并引物均位于RNA-1上的RdRp基因区域，约450bp，额外加人测序引物或非互补序列后，扩增的片段长度约为500bp(见表B.1)。表B.1
线虫传多面体病毒属简并引物
引物名称
序列（5°-3'）-b
GAGCGGATAACAATTTCACACAGGTGTGAYTAYWVNVVNTTYGATGGCGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACYTTRTCHBTVCCATCVGTAATAATAAATCATAATGTGAYTAYWVNVVNTTYGATGGAATAAATCATAAYTTRTCHBTVCCATCVGTAAT位置
RdRp基因
RdRp基因
RdRp基因
RdRp基因
M=A/C,W=A/T,H=A/T/C,V=G/A/C,D=G/A/T,Y=C/T,K=G/T,S=G/C,B=G/T/C,N=A/GC/T,R=A/G
NepF5和NepR5下划线序列分别为引人的BCABESTTMSequencingPrimerRV-M和M13-47测序引物；NepF3和NepR3为额外引人的一段非互补序列。6
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