SN/T 3895-2014
基本信息
标准号:
SN/T 3895-2014
中文名称:转基因亚麻籽FP967品系实时荧光PCR检测方法
标准类别:商检行业标准(SN)
标准状态:现行
出版语种:简体中文
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相关标签:
转基因
亚麻
实时
荧光
PCR
检测
方法
标准分类号
关联标准
出版信息
相关单位信息
标准简介
SN/T 3895-2014.Real-time fluorescence PCR method for detection of genetically modified components in triffid flax(Event FP967).
1范围
SN/T 3895规定了转基因亚麻籽FP967品系(又称作CDCTriffid)检测的实时荧光PCR方法。
SN/T 3895适用于转基因亚麻籽FP967品系(又称作CDCTriffid)的定性检测。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法
GB/T 19495.2转基因产 品检测实验室技术要求
GB/T 19495.3转 基因产品检测核酸提 取纯化方法
3术语、定义和缩略语
3.1 术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
3.1.1转基因transgene
将物种本身不具有的、来源于其他物种的功能DNA序列,通过各种导人手段,使其在该物种中进行表达,以便该物种获得新的品种特征。
3.1.2内源基因endogenous gene
在栽培的物种中拷贝数恒定的、不显示等位基因变化的基因,该基因可用于对 基因组中某一目的基因的分析。
3.2缩 略语
下列缩略语适用于本文件。
Ct值:C:Cycle,t:threshold,每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数。
DNA : deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸。
dNTP :deoxyribonucleoside triphosphate, 脱氧核苷三磷酸。
EDTA:ethylene diaminetetraacetic acid,乙二胺四乙酸。
标准内容
中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 3895—2014
转基因亚麻籽FP967品系实时荧光PCR检测方法
Real-time fluarescence PCR method for detection of genetically modifiedcomponents in triffid flax(Event FP967)2014-01-13 发布
中华人民和国
国家质量监督检验检疫局Www.bzxZ.net
2014-08-01实施
本标准按照 GB/T 1.1一2009 给出的规则起草。SN/T3895—2014
本标准参考了 EU-CRL 的\NOST-Spec construct-specific method for the detection of CDC triffidflax(Event FP967)using real-time PCR\方法。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位,中华人民共和国辽宁出人境检验检疫局。本标准主要起草人曹际娟、张莹、王金玲、徐君恰、贾金生。1范围
转基因亚麻籽FP967品系实时荧光PCR检测方法
SN/T3895—2014
本标准规定了转基因亚麻籽FP967品系(又称作CDCTriffid)检测的实时荧光PCR方法。本标准适用于转基因亚麻籽FP967品系2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。Triffid)的定性检测。
凡是注日期的可用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB/T19495.2转基因产品检测实验室技术要求GB/T19495.3转基因产品检测核酸提取纯化方法3术语、定义和缩略语
3.1术语和定义
下列术语和定义适用于本文
转基因transgene
将物种本身不具有的、来源工具他物种的功能DNA序列通过各种导人手段,使其在该物种中进行表达,以便该物种获得新的品种特征。
endogenous gcne
内源基因
在裁培的物种中拷贝数恒定的,不显示等位基因变化的基因基因的分析。
3.2缩略语
下列缩略语适用于本文件。
该基因可用于对基因组中某一目的Ct值:C:Cycle,t:threshold,每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数。DNA:deoxyribonucleicacid,脱氧核糖核酸dNTP:deoxyribonucleosidetriphosphate,脱氧核苷三磷酸。EDTA:ethylenediaminetetraaceticacid,乙二胺四乙酸。NOST-Spec:NOSterminatorandspectinomycinresistancegene,NOS终止子-奇放线菌素抗性基因。奇放线菌素抗性基因是FP967品系转基因亚麻籽独有基因,目前未在其他任何转基因作物中使用。
PCR:polymerasechainreaction,简称PCR。SAD:stearoyl-acylcarrierproteindesaturase,硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶。Tris:tris(hydroxymethyl)aminomethane,三(羟甲基)氨基甲烷。1
SN/T3895—2014
TETris-HCI、EDTA缓冲液。
Tag酶:DNA聚合酶。
UNG 酶:uraril-N-glycosylase,尿嘧啶-N 糖基化酶(UNG)酶。4主要仪器
实时荧光定量PCR仪。
核酸蛋白分析仪。
微量进样器(0.5μ,2μ,10,20u,100μ,200μl,1000μ)。4.3
高速冷冻离心机。
纯水器或双蒸水器。
5 试剂和材料
除另有规定外,所有试剂均为分析纯或生化试剂。5.1
实验用水:应符合 GB/T 6682中一级水规格。5.2
PCR 缓冲液
氯化镁(MgCl)。
dNTPs(ATP,dTTP,dCTP,dGTP,UTP)。UNC 酶(Uracil N glycosylase)。Tag 酶。
CTAB 裂解液:3% CTAB(质量浓度),1,4 mol/L NaCI.0.2%(体积分数)巯基乙醇,20 mmol/L ED-TA,100 mmol/L. Tris- HCl.pH 8.0.5.8
三氯甲烷。
5.9戊醇。
5.10丙醇。
70%乙醇。
TF:1 mmol/L. EDTA,l0 mmol/I. Ttis-HCl,pH 8,0.5.13引物和探针。
FP967品系转基因亚麻籽成分实时荧光PCR检测所用引物和探针序列见表1。表 1 实时荧光 PCR 实验所用引物和探针序列基因或品系名称
(内源基因)
NOST-Spec
(外源基因/品系鉴定)
检测步骤
6.1制样
引物序列
5'-GCT CAA CCC AGT CAC CAC CT-3'5'-TGC GAG GAG ATC TGG AGG AG-3'5'-AGC GCG CAA ACT AGG ATA AA-3'5'-ACC TTC UGG CTC GAT GTC TA-3'探针序列
5标记FAM;3标记TAMRA或Eelipsc6-FAM-5:TGT TGA GGG AGC GTG TTGAAG GGA-3'-BHQ
6-FAM-5'-CGC GCG CGG TGT CAT CTATG-3'-BHQ
称取约 50 g亚麻籽样品,经干热灭菌(L50℃干热预处理2 h)或120 ℃、30 min高压消毒处理的碾2
rKAOMrKAca
或粉碎机中碾磨至样品粉末题粒 0.5 mm左石大小6.2模板 DNA 提取
SN/T 3895---2014
称取 500 mg粉样于10 mL. 离心管中,加人 5 mL CTAB裂解液(含适量 RNA酶),混勾,60 ℃水浴振薄保温1 h;2 000 r/min 离心 5 min;取 上:清液,加等体积氯伤/异戊醇(体积比:24/1)混匀,静胃5 min,8000 r/min离心5 min;小心敢离心上清液·再加等体积氯仿/异醇(体积比;24/1)混匀,静置5 min,8 000 r/min离心5 min;取离心上清液加 0.65 倍体积的异丙醇,混勺,12 000 1/min 4 ℃离心10 min;弃上清液,加 500μl.70%冰乙醇洗涤一次,12 000 r/min 4℃离心5min;奔上清:将沉淀晾于,加人50μI.TE,溶解沉淀(4℃过夜,或37℃保温1h):此即为总DNA提取液。也可用相应市售DNA提取试剂盒提取样品DNA,或按照GB/T19495.3热行。6.3DNA 浓度和纯度的测定
取适量DNA溶液原液加双蒸水稀释一定倍数后,使用核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计测260 I1LI和 280 nm 处的吸收值。DNA的浓度按照式(1)计算。c -A2 XN X50
式中:
-DNA浓度,单位为微克每毫(μg/mL);A250
-260nm处的吸光值;
N--—核酸稀释倍数:
当浓度为 10 μg/mL~100 μg/mL,A2G/Az比值在 1.7~1.9之间时,适宜于实时荧光 PCR扩增。6.4对照设置
检测过程中应按照GB/T19495,2中的规定设置对照。阴性目标 DNA 对照:不含外源月标核酸序列的 DNA 片段。阳性日标 DNA 对照;参照 DNA、或从可溯源的标准物质提取的 DNA、或从含有已知序列阳性样品(或生物)中提取的 DNA。
扩增试剂对照:该对照包括除了测试样品模板 DNA 以外所有的反应试剂,在 PCR 反应体系中用相同体积的水(不含核酸)取代模板 DNA。6.5 实时荧光 PCR 反应体系
实时荧光PCR反应体系见表2表3(可根据实际需要任选其一),每个样品各做两个平行管。加样时应使样品DVA溶液完全落人反应液中,不要粘附于管壁上,加样后应尽快盖紧管盖。表2实时荧光PCR反应体系(1)
试剂名称
10 × PCR 反应缓冲液
MgCl,(23 mmol/L)
dNTP(10 mmol/L)
UNG酶(E U/μL)
上游引物(10 μml/
下游引物(10mol/L)
终浓度
2.5 mmol/ L
200 mmol/L
200 nmol/1.
200 nrmol/L
rKAONIKAca
SN/T3895—2014
试剂名称
探针(5μmol/L)
Taq酶(5U/μL)
DNA模板(40ng/μL-50ng/μL)
补水至
表2(续)
终浓度
100nmol/L
注:表中DNA模板为原料的模板量,加工产品可视加工程度适当增加模板量:也可根据具体情况或不同的反应总体积进行适当调整。
表3实时荧光PCR反应体系(2)
试剂名称
TagMar?UniversalPCRMasterMix(2X上游引物(10μmol/1)
下游引物(10μmol/L)
探针(5μmol/L)
DNA模板(40ng/μL-~50ng/μl
补水至
注:表中DNA模板为原料的模
总体积进行适当调整。
6.6实时荧光PCR反应参数
实时荧光PCR的反应参数为
1min,40个循环,
终浓度
800nmol/L
8oonnol/
100nmo/L
加工产品可视加下程度适当增加模板量:也可根据具体情况或不同的反应50℃
2min:预变性95℃10min:95℃15s,60℃PCR前去污染2
注:不同仪器可根据仪器要求将反应参数作适当调壁。仪器检测通道的选择
PCR反应管荧光信号收集的设置,应与探针所标记的报告基团一致。报告基团为FAM时,荧光信号收集应设在FAM通道:报告基团为TET时,荧光信号收集应设在TET通道:余类推。具体设置方法因仪器而异,可参照仪器使用说明书。6.8实时荧光PCR反应运行
按预先设定的样品摆放顺序将PCR反应管依次摆放(上机前应注意检查各反应管是否盖紧,以免荧光物质泄漏污染仪器),开始运行仪器进行实时荧光PCR反应。6.9基线的设置
实时荧光PCR反应结束并分析结果后,应设置无效基线范围。无论采用任何荧光通道(FAM或TET),基线范围选择在3~15个循环,如果有强阳性样本,应根据实际情况调整基线范围。阈值设置原则以基线刚好超过正常阴性目标DVA对照扩增曲线的最高点,且Ct值一40为准。TKNiKAca
6.10CI值与DNA浓度的关系
SN/T3895—2014
Ct值大于或等于40时,表明PCR过程中无目标DNA的扩增;Ct值在36~40之间,且平行样的每个值之间的差异很大,表明PCR反应体系中的目标DNA量很少,应适当增加模板量7结果判定与表述
1质量控制
扩增试剂对照:外源基因检测Ct值大于或等于40,内源基因检测Ct值大于或等于40。阴性目标DNA对照:外源基因检测Ct值大于或等于40。阳性日标DNA对照:外源基因检测Ct值小于或等于36上述指标有一项不符合者,应重做实时荧光PCR扩增2结果判断
待测样品外源基因检测Ct值大于或等于40.内源基因检测Ct值小于或等于24,设置的对照结果正常者,则可判定该样品未检出×××基因待测样品外源基因检测Ct值小于或等于36·内源基因检测Ct值小于或等于24,设置的对照结果正常者,则可判定该样品检出×××基因:待测样品外源基因检测Ct值在36一40之间应重做实时荧光PCR扩增。再次扩增后的结果Ct
值仍小于40,且设置的对照结果正常,则可判定该样品检出×××基因:再次扩增后结果Ct值大于40,且设置的对照结果正常,可判定该样品未检出XXX基因
结果表述
未检出NOST-Spec基因。
检出NOST-Spec基因,可进一步报告,该样品中含有FP967品系转基因亚麻籽成分。8防污染措施
中的规定执行
检测过程中防止交叉污染的措施按照GB/T19495.2KAONiKAca
SN/T 3895—2014
薇考文
E1 NOST-Spee: canstruct-spccific method for the detection of CDC triffid flax (Event FP967)using real-time PCR,EU-CRI
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