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SN/T 3277-2012

基本信息

标准号: SN/T 3277-2012

中文名称:鳄梨日斑类病毒检疫鉴定方法

标准类别:商检行业标准(SN)

标准状态:现行

出版语种:简体中文

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标准简介

SN/T 3277-2012.Detection and identification of avocado sunblotch viroid.
1范围
SN/T 3277规定了进境植物检疫中对鳄梨日斑类病毒的RT-PCR、往返聚丙烯酰胺凝胶电泳和生物学测定三种检疫鉴定方法。
SN/T 3277适用于进出境鳄梨种苗中鳄梨日斑类病毒的检疫鉴定。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
SN/T 2122进出境植物及植物产品检疫抽样规则
3原理
鳄梨日斑类病毒(avocado sunblotch viroid,ASBVd)属于鳄梨日斑类病毒科( Avsunviroidae)鳄梨日斑类病毒属(Arusunviroid)。该类病毒的分子生物学和生物学特性(参见附录A)是检疫鉴定的主要依据。
4仪器设备及设施、用具及试剂
4.1 仪器设备及设施
天平(感量,1/10 000 g)、pH计、PCR仪、电泳仪、电泳槽、凝胶成像系统、隔离检疫温室恒温水浴、
低温冰箱等。
微量移液器(2μL,10μL,20μL.100μL,200μL,1000μL)、研钵、离心管、花盆、消毒土等。
4.2 RT-PCR 检测试剂
见附录B。
4.3往返聚丙烯酰胺凝胶电泳检测试剂
见附录C。

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标准内容

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T3277—2012
鳄梨日斑类病毒检疫鉴定方法
Detection and identification of avocado sunblotch viroid2012-10-23发布
中华人民共利国
国家质量监督检验检疫总局
2013-05-01实施
本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。SN/T3277--2012
本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位:中华人民共和国深圳出入境检验检疫局、深圳市检验检疫科学研究院、中国检验检疫科学研究院。
本标准半要起草人:郑耘、陈枝楠、张永江、卢小雨、冯建军、汪荣、李一农、刘新娇。1范围
鳄梨日斑类病毒检疫鉴定方法
SN/T3277-2012
本标准规定了进境植物检疫中对鳄梨日斑类病毒的RT-PCR,往返聚丙烯酰胺凝胶电泳和生物学测定三种检疫鉴定方法。
本标准适用于进出境鳄梨种苗中鳄梨日斑类病毒的检疫鉴定2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样规则3原理
鳄梨日斑类病毒(avocado sunblotchviroid,ASBVd)属于鳄梨日斑类病毒科(Avsunviroidae)鳄梨日斑类病毒属(Ausunuiroid)。该类病毒的分子生物学和生物学特性(参见附录A)是检疫鉴定的主要依据。
4仪器设备及设施、用具及试剂
仪器设备及设施
天平(感量,1/10000g)、pH计、PCR仪、电泳仪、电泳槽、凝胶成像系统、隔离检疫温室、恒温水浴、低温冰箱等
微量移液器(2μ,10μ,20,100,200,1000)、研钵、离心管、花盆、消毒土等。4.2RT-PCR检测试剂
见附录B。
4.3往返聚丙烯酰胺凝胶电泳检测试剂见附录C。
5样品制备
抽样按照SN/T2122的规定执行。5.1种子类
随机抽取100粒种子,将其分为五组,在适宜的发芽温度(20℃~28℃)条件下催芽,直至长出第一对真叶。随机抽取20株苗叶片,每株取1g叶片,制备成一个样品。1
SN/T3277-20.12
5.2苗木类
将架苗木等繁殖材料种精在隔离温室中,于25℃牛长并观察症状。取1g表现症状和光症状植株的片(或花芽),制备成-个样品。6检测方法
6.1RT-PCR检测
方法见附录B
6.2往返聚丙两烯酰胺凝胶电泳测定方法见附录C。
6.3生物学测定
方法附录
7结果判定
如RT-PCR检测结果为阳性,往返聚丙烯酰胺凝胶电泳測定.或生物学测定地为阳性,可判定待检样品带有鳄梨口斑类病毒。如RT-PCR检测结果为阴性,往返聚丙烯酰胺凝胶电泳测定,或生物学测定结果也为阴性,则可判定待检样品不带有鳄梨H斑类病毒,如RT-PCR检测结果、生物学测定结果,或往返紧丙烯酰胺凝胶电泳测定中,任意一个为阳性,而其余为为阴性,则需重做实验。8样品和档案保存
8.1样品保存
经检测确定带鳄梨日斑类病毒的样品十燥后在-80 ℃冰箱保存 1年。在鳄梨繁殖材料中发现该类病毒的,采集叶片、花芽等类病毒浓度较高的材料十燥处理保存。检测原始记录、照片等文档按有关规定做好登记、标记利存档,以便必要时复核。8.2结果记录与资料保存
完整的实验记录包括:样品的来源、种类、登记时间、实验地点、检测方法和结果等,并要有经于人和实验人员的签字。RT-PCR检测应有电泳结果和往返聚丙烯酰胺凝胶电泳测定需有图片,生物学测定应有鉴别肾主的症状照片。
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A, 1病原及其特性
附录A
(资料性附)
鳄梨日斑类病毒生物学特性
SN/T 3277—2012
ASBVd 为棒状结构,是一条共价闭合的单链环状 RNA分子;由长度为 247个核苷酸残基组成,柜对分子质量为0.8XI0’da。ASBVcl 序列独特,富含 A-U 碱苯,与其他类病毒的同源率低,具有白我切割的特性。ASBVd在寄主的叶绿休内增殖和积累,滴度很高,有时与寄主 5S RNA 的浓度相当。A,2奇主范围
裔主范围仪限于科鳄梨属植物,表明其与寄≠植物具有高度的特另性。A. 3病害症状
受ASBVd侵染的鳄梨(Persea americara Mil.).树势夜弱,在果实上叶现黄色、门色或粉红色的斑纹,有时水果上能形成下陷的火山状病斑,病斑可为英色,绿色和深红色,受害果实市场价值降低;还可以在茎、子叶上引起黄色、橙色或户色的下陷的斑或点;在叶片上引起褪绿和扭曲,受植株比康植株稍矮,但较难区分。口间ASBVd 的典型症状是枝权表皮上的条纹和斑点。ASBVd侵染鳄梨后,造成严重的经济损失。病果树与健康果树相比,产果数最减少,量下降30为以上,树干矮小,枝十朝地面弯曲.树形扁平状,平伸的树形增加了暴露日光的面积,易被强阳光灼伤。果实!的条纹影响了鳞的市场价值,A.4分布地区
在狠多种植鳄梨的国家都有该病的发生,包括澳大利亚、以色列、秘鲁、南非、美国及委内瑞拉。A.5传播方式
ASBVd可通过嫁接、种了,花粉和机械等方式传播,但至今尚无昆虫传播的报道。该类病毒可通过嫁接方式在樟科植物之间传播,也能通过花芽、接穗,树皮等嫁接方式传播,白然的根接也能传播。潜伏侵染的植株极易种子传播,种传率为80%~100头,被传播的后代植株也不表现症状;而显症的植株种传率较低,常小于5%,被传播的后代植株也衣现症状。在实验条件下,甲虫(Apmelzfera)能导致低频率(1.8%~-3.3%)的花粉传播。3
KAoNiKAca
SN/T 3277—2012
B.1试剂
B.1.1RNA抽提
采用Trizol法提取总RNA
B.1.250XTAE
冰醋酸
NaEDTA-2H,0
附录B
(规范性附录)
RT-PCR检测
加去离子水定容至1L。用时加水稀释至B.1,36×加样缓冲液
溴酚蓝
薰糖水溶液
B.2试验步骤
总RNA提取
B.2.1.1取样
40%(质量浓度)
鳄梨苗木取叶片部分,花取花劳,果实取表现症状的果皮B.2.1.2RNA抽提
称取鳄梨苗木的叶片、或花芽、或更皮样品(被检测样品、阳性样品为带有鳄梨日斑类病毒的植物材料、阴性样品为不带有鳄梨日斑类病毒的材料>0.1g,液氮充分研磨。加入1mLTrizol,混勾,倒人1.5mL离心管中。加入0.2mL三氯甲烷,剧烈振荡15s,4℃条件下12000g离心10min,小心吸取上层水相至新离心管中。加入等体积异丙醇,混匀,一20℃静止10min,4℃条件下12000g离心15min,弃上层水相。加人1mL75%乙醇,重悬沉淀,4℃条件下8000g离心10min,弃上层乙醇相,干燥沉淀。加人30pLDEPC-H,置于50C条件下5min溶解沉淀.存于一80℃条件下备用。也可采用供应商推荐的试剂盒抽提RNA。B.2.2RT-PCR反应
B.2.2. 1引物
根据鳄梨日斑类病毒基因上游保守序列设计特异性引物对,上游引物(PAB-FP)与第68至87个核苷酸序列一致,下游引物(PAB-RP)与第88至104个核苷酸序列互补,具体序列如下:PABFP.5-AAGTCGAAACTCAGAGTCGG3'4
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PAB-RP:5-GTGAGAGAAGGAGGAGT-3B.2.2.2CDNA合成
SN/T3277—2012
按下列组分见表B1)制备RT反应混合液20L反应条件:25℃温育20min,42℃反转录1.5h,95℃灭活2min~3min
表B.1组分
试剂名称
模板RNA
反向引物(20μmol/L)
5XAMV缓冲液
dNTP(10 mmol/L)
AMV反转录酶(5U/μL)
RNA酶抑制剂(40U/μL)
DEPC处理过的H20
B.2.2.3反应程序
在冰上依次将下列组分(见表B,加样量/uL
充分混与后进入热循环反应:94℃变性1min,55℃复性2min,72℃延伸3min,共40个循环最后72表B.2
试剂名称
10×PCR反应缓冲液
氯化镁(MμCl)
正向引物
反向引物
补加水至总体积
琼脂糖电泳
制备凝胶
胜备液浓技
25mmol/L
10mmal
pmol/LbZxz.net
20mol/L
5U/μL
繁浓度
4min。
加样量/μL
2.0mmol/L
mmol/i
Q.2amal/L
1.5U/test
加人TAE配置质量浓度为2%的琼脂糖,在微波炉中熔化混匀,冷却至55℃左右。B.2.3.2
加入溴化乙镜
加人浓度为0.5u/mL的溴化乙锭,混匀,倒人已封好的凝胶平台上,插入样品梳。待凝胶凝固后,拔出梳子,加人足够量的TAE(缓冲液盖过凝胶表面约1mm)。5
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SN/T 3277-2012
B. 2. 3. 3
吸取10μL反应液,加人2μL.6×加样缓冲液混合均匀-将其和适合的DNA相对分子质量标准物分别加入到样品孔中。电泳结束后将琼脂糖凝胶置于凝胶成像系统下观察并保留结果。B. 3
结果判断
阳性对照在247bp处有扩增片段-阴性对照和空白对照无特另性扩增,待测样品出现与阳性对照一致的扩增条带,可判定为阳性。结果达到质控要求,且待测样品在247bp处无扩增条带,判定结果为阴性。
KAoNiKAca
C.1试剂
C. 1,1RNA 的抽提
采用Trizol法提最总RNA。
C. 1.210 × TBE
附录C
(规范性附录)
往返聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
890 rimol/1
890 mal/L.
乙二胺四乙酸二钠(CHN0Naz·2HzO)调 pH至 8. 3,加双蒸水定容至 1 L.。3加样缓冲液
溴酚蓝
二中苯
C. 1. 4固定液
冰醋酸
C.1.5染色液
1 g硝酸银加双蒸水定容至500mL。c. 1. 6
6显色液
氢氧化钠
0. 4 mol/L.
用双蒸水定容至11。
C.2聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)C.2. 1RNA的提取
C. 2. 1. 1 取样
鳄梨苗木取叶片部分,花取花芽。20 mmol/L
SN/T 3277-2012
SN/T32772012
C.2.1.2抽提RNA
称取鳄梨苗木的叶片或花芽样品(被检测样品、阳性样品-带有鳄日斑类病毒的植物材料、阴性样品-不带有鳄梨日斑类病毒的材料)2g,液氮充分研磨。其余方法同C.2.1。C.2.2聚丙烯酰胺凝胶电泳
C.2.2.1凝胶制备
聚丙烯酰胺凝胶浓度为6%。在小烧杯中按顺序加人双蒸水20.77mL,30%凝胶储备液6mL,10×TBE缓冲液3mL,TEMED30μL10%过硫酸铵(现配现用)200μL.充分混匀后灌胶。然后插入样品梳。待胶完全凝聚后在电泳槽内加人1XTBE电极缓冲液,然后轻轻拔掉梳子。C.2.2.2预电泳
加样前进行预电泳,电压150V.10min。C.2.2.3加样
取10L提取的RNA样品(被检测样品、阳性样品、阴性样品),按1:1的比例加入加样缓冲液。C.2.2.4第一向电泳
电极缓冲液为TBE,电压150
C.2.2.5第二向电泳
V、当澳酚蓝移出凝胶板二甲苯蓝接近胶底部时.停止电泳。弃去第一向电泳的电极缓冲液,先将1×TBE缓冲液加热到
80℃,倒在电泳槽内,保持温度70℃~75℃,15min,使核酸完全变性,调转电极方向,电压为200V至二甲苯蓝示踪染料带迁移到胶顶部,停止电泳。
C.2.2.6固定
将胶先用双蒸水冲洗3次,每沃2ainC.2.2.7染色
喜min.然后用固定液固定60min。弃去固定液,用双蒸水冲洗3次,每次2min3min,然后加人染色液振荡染色30min。C.2.2.8显色
弃去染色液,用双蒸水冲洗3次,每次2min~3min,将胶转移至显色液中,振荡,直至显出淡褐色条带,弃去显色液,加人0.75mol/L的碳酸钠溶液。C.3结果判断
样品经往返聚丙烯胺凝胶电泳测定,如阴性对照不出现RNA环状分子条带,阳性对照出现RNA环状分子条带,待测样品实验结果观察到RNA环状分子条带.即可判定检测结果为阳性未观察到RNA环状分子条带,即可判定检测结果为阴性。8
嫁接接种
附录D
(规范性附录)
生物学测定
SN/T 3277—2012
将待测材料嫁接至鳄梨的幼苗上。剔除待材料砧木)生长点.用月片在其子叶下1cm处尚下呈20~30斜切,深度达茎粗=分之二为宜,切口长5mtn~6imm:接种鳄梨日斑类病毒至鳄梨(P.Amerrana)Iass品种的(接穗)幼带叶下2cm处,向上20°~30°斜切深度为举粗两分之一左右,切口长为5mm~6mm,将接穗与础木的舌形切口互相嵌接好,并用嫁接夹在切吻合处加以固定·使切口密切接合,并立即裁植在营养钵!,沿钵边缘浇足底水。D.2
寄主症状
将待测材料嫁接至鳃梨IIass品种的幼苗上,2个月到3年后,嫁接苗木的茎干、子叶上显示黄色、橙色或白色的斑纹或斑点,叶片上有时能显小花斑和扭面的症状。可利用胚胎嫁接或高温(30℃82 C)培择方法加快表现症状,
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