SN/T 4626-2016.Protocol for species identification based on DNA barcode databases.
1范围
SN/T 4626规定了我国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统的鉴定流程。
SN/T 4626适用于我国动物植物与口岸卫生检疫性有害生物的DNA条形码物种鉴定。
2术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
2.1DNA条形码技术DNAbarcoding
利用标准化的、有足够变异的、易扩增且相对较短的基因片段,用于物种鉴定和新种发现的生物身份识别技术。
2.2中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统
DNA barcode appraisal system on Chinese quaran-tinepests
2.3 s值与E值S-score and E-value
S值(S-score)表示两条DNA序列(查询序列和目标序列)的相似程度,分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值(E-value)是S值可靠性的评价。E值表示在随机情况下,其他目标序列与查询序列的相似度要高于查询序列和目标序列相似度的可能性。E值越低,S值越可靠,也就是说目标序列和查询序列相似度越高。当E值小于10的-5次方时,表明两序列有较高的相似性。
2.4 FASTA格式FASTA format
在生物信息学中,一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名和注释。序列文件的第一行是由大于号“>”开始,用于序列标记。从第二行开始为序列信息，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸只用大写字母。

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 4626—2016
DNA条形码物种鉴定操作规程
Protocol for species identification based on DNA barcode databases2016-08-23发布
中华人民共和国
国家质量监督检验检疫总局
2017-03-01实施
本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草，本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口SN/T4626—2016
本标准起草单位：中国检验检疫科学研究院、国家质检总局信息中心、山东出人境检验检疫局本标准主要起草人：陈岩、张燕平、迟海英、赵文军、吴绍强、朱水芳I
1范围
DNA条形码物种鉴定操作规程
本标准规定了我国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统的鉴定流程SN/T4626—2016
本标准适用于我国动物、植物与口岸卫生检疫性有害生物的DNA条形码物种鉴定。2术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。2.1
DNA条形码技术DNAbarcoding
利用标准化的、有足够变异的、易扩增且相对较短的基因片段，用于物种鉴定和新种发现的生物身份识别技术。
中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统DNAbarcodeappraisal systemonChinesequarantinepests
网址http：//qbol.org.cn
S值与E值S-score andE-value
S值（S-score）表示两条DNA序列（查询序列和目标序列）的相似程度，分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值（E-value）是S值可靠性的评价。E值表示在随机情况下，其他目标序列与查询序列的相似度要高于查询序列和日标序列相似度的可能性。E值越低，S值越可靠，也就是说目标序列和查询序列相似度越高。当E值小于10一时，表明两序列有较高的相似性2.4
FASTA格式FASTAformat
在生物信息学中，一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名和注释。序列文件的第一行是由大于号”开始，用于序列标记。从第二行开始为序列信息，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸只用大写字母。注：示例参见附录A。
DNA条形码DNAbarcodes
CO1：线粒体细胞色素c氧化酶亚基1,动物DNA条形码ITS：内转录间隔区，真菌和植物DNA条形码rbcL叶绿体基因，植物DNA条形码matK，叶绿体基因，植物DNA条形码16S:16S核糖体RNA，细菌DNA条形码1
SN/T4626—2016
3DNA条形码物种鉴定策略
3.1Blast鉴定
BL.AST(BasieLocalAlignmentSearchTool)基于局部序列比对，对数据库进行快速搜索，其特点是仅搜索序列之间高度相似的区域，可以兼顾到搜索的精确性和搜索速度，是目前应用最广泛的序列相似性搜索工具之一。BLAST的运行方式是先用目标序列建立数据库，数据库里面的每一条序列为目标序列，然后用查询序列与数据库中的目标序列做两两序列局部比对，从而得到全部比对结果。3.2BLAST判定标准
首先构建标准的参考数据库，参考数据库需包含要鉴定物种的样品，在一定的E值下对数据库进
行BLAST搜索，如果查询序列的最佳四配均为自标物种的不同样品：不包含其他物种的样品，则认为与该查询序列最接近的物种是目标物种4系统鉴定流程
4.1登录平台主页http：//qbol.org.cn，点击“物种识别”导航条，进人物种识别页面。参见附录B。
4.2在鉴定框内输人FASTA格式（或纯义本格式）序列后，点击“提交鉴定”，系统进行BLAST后，自动生成鉴定结果。参见附录C。
4.3研究结果判定：相似度最高的10条序列为相同物种，且最大相似度在98%以上，可明确判定为该S
物种；否则辅以其他鉴定方法。TTKAONIKAca
FASTA格式文件示例如下：
>Solenopsisinuicta
附录A
（资料性附录）
FASTA格式文件
SN/T4626-—2016
TGGTCAACCAAACATAAAGATATTGGAATTTTATATTTTATTCTTGCAATTTGAGCAGGAATAATTGGATCATCTATAAGAATAATCATCCGATTAGAACTAGGATCTTGTAATTCTCTAATTAATAATGATCAAATCTACAA
GTTTTATTATAATT
TTTTTTATAGTTATGCCCTTCATAA
ATTGGAGGATTTGGAAATTTCTTAGTGCCCTTAATACTTGGGTCCCCCGATATGGCCTATC
CTCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTGCCACCTTCTCTAACTCTTTTACTTATCAGAAGATTTATTAACAGAGGAGTAGGAACAGGATGAACTATCTACCCACCATTAGCCTCCAATATTTTTCACAGAGGGGCCTCTATTGATCTATCTATTTTTTCCTTACATATCGCCGGAATATCATCAATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTTCTACAATCATTAACATACACCATAAAAATTTTACTATAGATAAAATCCCCCTACTAGTTTGATCTATCCTTATTACAGCCATTCTTCTTTTACTTTCAOTCCCAGTTCTTGCAGGAGCTATTACAATATTACTAACTGACCGTAATTTAAACACCTCCTTCTTCGATCCCTCAGGAGGAGGATTCTGATTTTTTGGTCACCTGAAAGTTAAAGATCCCATTCTATACCAACATTTAT
TKAONIKAca
SN/T4626—2016
物种识别页面示例如图B.1所示
附录B
（资料性附录）
物种识别页面
中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统DNABARCODEAPPRAISAL SYSTEMCN CHDNESEQUARANTINEPESTS换防
(Co&(TS)
输入fasta格式的你列
雅物息
OrAaATaTAeATTATA
蒙生物多定
ATAATTY
HTTTAGTAGACAGATATAATATAGATGRTIGACTICTGCCADCTTCICT
规交鉴益
maaetre
TAATTALTAATCATEAAATP
ATRATTGGACGATTGGAAATTTTTAGTTETTAATACTTGPGTCCCDGATATCGOTATTCGAATAAATAATATAAGAPTICCAAIATTTITCA
物种识别页面示例
GGCCTCIATTGATCTATCTATTITTIDCHTTTTA
YKAONKAca
鉴定结果页面示例如图C.1所示。中国检疫性有密生物DNA条形码鉴定系统DNAARCORIEAPHRASSAESYSIEMDIRCHINESEQ网导理
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ASMA387-CS
ASAE-OE
Arthreoode
Artvpode
athropoda
Artrrapod
Artrapodi
TINEFESTS
558-50
iracta
trascta
Irsecte
Engecta
Iniecta
66X-65
附录C
（资料性附录）
鉴定结果页面
Seguenceidentifi
Himenootera
Hhgerencotera
Hhmencotera
Hhmenopta
Pmencxara
Simifariey
Formiodae
Farmiodae
Farmicidao
Formniocda
Frameidse
SummaryInfo
Soeroo
sdierop
edieropses
200as%
Sockenceca
oanenta
yaneata
Soluropat
ooninuta
geminats
Sdenopan
geninuta
鉴定结果页面示例
6eN-Fo
SN/T4626—2016
Bor-9sa
E-Valie
TiKAONKAca
SN/T4626—2016
参考文献
[IJTautz D.,Arctander P..Minelli A.et al.A plea for DNA taxonomy.TRENDS in Ecology andEvolution.2003.18(2)：70-74.[2] Hebert P,Ratnasingham S,de Waard J.Barcoding animal life:cytochrome c oxidase subunit 1divergences among closely related species.Proc.R.Soc.Lond.B Biol Sci.2003,270:S96-S99.[3] Hebert P,Cywinska A,Ball S,et al.Biological identifications through DNA barcodes.Proc.R.Soc.Lond.BBiolSci.2003,270:313-321.4]Ratnasingham S,Hchert P.Bold:The Barcode of Life Data System.Molecular ecology notes.2007,7(3):355-364.
[5]http：//boldsystems.org/[6]
http：//q-bank.eu/
-TiKAONTKAca
SN/T4626-2016
中华人民共和国出入境检验检疫行业标准
DNA条形码物种鉴定操作规程
SN/T4626—2016
中国标准出版社出版
北京市朝阳区和平里西街甲2号（100029）北京市西城区三里河北街16号（100045）总编室：（010)68533533
网址spc.net.cn
中国标准出版社秦皇岛印刷厂印刷开本880×12301/16
印张0.75字数14千字
2017年12月第一版2017年12月第一次印刷印数1—500
书号：1550662-32283
定价16.00元
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